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求助关于antechamber建立70个有机分子体系力场参数的问题

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发布时间: 2020-8-21 19:04

正文摘要:

amber新手求教，体系是一个中性的分子式为C42H25N3的有机分子，我用antechamber -fi pdb -fomol2 -i M41.pdb -o M41.mol2 -c bcc -pf y -nc -0生成mol2文件时候，出现了下面的问题，是因为我的体系有70个原子，体系 ...

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任嘉人amber 发表于 Post on 2020-8-21 22:00:38

谢谢老师，我用高斯看了结构没什么问题，这个如果不影响后面的话是不是可以忽视不用管这个问题

sobereva 发表于 Post on 2020-8-21 20:46:24

70个原子已经很小了

ar代表原子是芳环（aromatic）上的原子

在gview等程序中仔细检查检查结构合理性，搞不明白原因的话，用Openbabel把pdb转成mol2也可以

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