你好楼主，最近我正在尝试带一个负电荷的60个表面活性剂sds分子在水中自组装模拟，盒子大小为8nm3。我根据查阅文件用gromos54a7立场进行，在ATB上下载带一个负电荷 sds的全原子pdb和itp文件后利用gmx editconf -f sds.pdb -o sds.gro成功得到了gro文件，并且自己写了一个top文件。后续根据你这条帖子的操作成功顺利进行了电荷中和、em、nvt、npt和mdrun 100ns。但是结果不尽人意，跑出来的结果总是几个小型无规则聚集体而无法聚集成一整个胶束。我目前能分析的原因可能是mdp文件参数设定的问题，以下是我em、nvt、npt、md的mdp文件内容和模拟100ns后的图，请教一下参数应该如何修改？非常感谢

liuyuje714 发表于 2020-8-25 14:12
defaults你还是没注释掉。

万分感谢。。

牧生 发表于 2020-8-25 14:07
首先感谢你的回复。
现在的操作以及我的理解如下：

defaults你还是没注释掉。

liuyuje714 发表于 2020-8-25 13:20
我那几个横线每一个都不是白画的，你要认真看区别。还有我可没让你复制这些文件到当前目录，你又不改这些 ...

首先感谢你的回复。
现在的操作以及我的理解如下：

; CTAB_GMX.top created by acpype (v: 2019-07-10T18:04:00UTC) on Fri Aug 14 06:29:50 2020

[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
;1               2               yes             0.5     0.8333           我的理解是，注释这一行

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"     我的理解是，添加这一行

; Include CTAB_GMX.itp topology
#include "CTAB_GMX.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"    我的理解是，添加这一行

[ system ]
CTAB in water

[ molecules ]
; Compound        nmols
CTAB             10                      ctab应该是10个
SOL              3923

得到的结果是

Program:     gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\topio.cpp (line 641)

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 2
Last line read:
'* The original ffamber ports were written by Eric J. Sorin,        *'
Found a second defaults directive.                          无论是win还是centos下，都是相同的语法错误。

牧生 发表于 2020-8-25 13:18
将amber99sb-ildn.ff目录下的forcefield.itp和tip4p.itp拷到当前目录下，修改top文件为如下内容，

我那几个横线每一个都不是白画的，你要认真看区别。还有我可没让你复制这些文件到当前目录，你又不改这些文件，不要画蛇添足。

liuyuje714 发表于 2020-8-25 12:22

将amber99sb-ildn.ff目录下的forcefield.itp和tip4p.itp拷到当前目录下，修改top文件为如下内容，


; CTAB_GMX.top created by acpype (v: 2019-07-10T18:04:00UTC) on Fri Aug 14 06:29:50 2020

[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
1               2               yes             0.5     0.8333

#include "forcefield.itp"

; Include CTAB_GMX.itp topology
#include "CTAB_GMX.itp"
#include "tip4p.itp"  

[ system ]
CTAB in water

[ molecules ]
; Compound        nmols
CTAB             10     
SOL              3923


结果还是报错


  gmx grompp -f em.mdp -c CTAB_solv.gro -p CTAB_GMX.top -o ion.tpr

Setting the LD random seed to 2113258257

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\topio.cpp (line 641)

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 1                     
Last line read:
'********************************************************************'              
Found a second defaults directive.

打开Amberff中的ffnonbonded.itp文件，然后打开itp4p.itp文件，找出对应的原子类型，然后放到CTAB_GMX.ITP文件中相应的位置即可。