求助：如何后处理获得Gromacs计算结果中的二维电荷分布图

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发布时间: 2020-9-3 09:11

如附件中论文及贴图(a)所示，作者采用Gromacs对离子液体中的导电MOF在不同电场状态下进行了MD计算，可以获得相应的离子分布和电荷分布二维mapping，离子分布应该可以使用gmx densmap指令获得，我自己尝试过，可行， ...

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16whzhengdn 发表于 Post on 2021-8-16 08:42:18

sobereva 发表于 2021-8-12 05:37
结合着densmap的help看

谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2021-8-12 05:37:37

16whzhengdn 发表于 2021-8-2 16:55
楼主好，请问使用gmx densmap指令获得离子分布 .dat文件如何绘制出离子密度（x）相关与离子分布（y）图?

结合着densmap的help看

16whzhengdn 发表于 Post on 2021-8-2 16:55:35

本帖最后由 16whzhengdn 于 2021-8-2 18:31 编辑

楼主好，请问使用gmx densmap指令获得离子分布 .dat文件如何绘制出离子密度（x）相关与离子分布（y）图?

Penson 发表于 Post on 2020-9-4 01:26:51

Lacrimosa 发表于 2020-9-3 13:56
通过gmx densmap获得数密度的data数据，然后乘相应的电荷量或许可行？

好的，感谢，我回去试一下

Lacrimosa 发表于 Post on 2020-9-3 13:56:26

通过gmx densmap获得数密度的data数据，然后乘相应的电荷量或许可行？

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
sobereva	+ 1	可行

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