packmol建模后npt，原子坐标消失

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发布时间: 2020-9-8 10:04

用packmol建模，模型有三种原子，固定了2，3种原子后，对整个体系弛豫，弛豫后2，3种原子的坐标显示都为0，这算是为什么，这是in文件我用packmol建了一个三元体系，后面nve/limit或npt弛豫后，第2，3种原子在write ...

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L4Bo2 发表于 Post on 2020-9-8 14:25:01

WB1040720479 发表于 2020-9-8 11:38
不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

不固定不会出现坐标为0的情况，固定方法试了几种，对原子分组，对不固定的原子进行弛豫：或者用set设置速度为0，都会出现坐标为0的现象。

WB1040720479 发表于 Post on 2020-9-8 11:38:41

不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

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