snljty 发表于 2020-9-8 22:13
vmd这个有点儿无厘头啊，定义x为string是要闹哪样，明显x是用户非常常用的关键词吧...感觉1.9.4和1.9.3内 ...

您好，我在最新版本的脚本文件夹没有找到这个文件

sobereva 发表于 2024-2-4 17:23
更新了下文、添加了新脚本，现在允许让箭头的始端位于原子上了

1.9.4把脚本里所有变量名x,y,z改成x0,y0,z0就可以正常使用了

更新了下文、添加了新脚本，现在允许让箭头的始端位于原子上了

Nemoyu 发表于 2023-3-3 12:20
老师，我是按着文中描述来的呀，还是没找到问题在哪儿，请老师再指教一下

装VMD 1.9.3 32bit，别装到带空格目录下。有问题到时候再说

老师，我是按着文中描述来的呀，还是没找到问题在哪儿，请老师再指教一下

Nemoyu 发表于 2023-3-1 20:22
老师，我第一次接触VMD，按您描述的方法做拉曼分子振动矢量图，但是到输入norm4这一步，会显示命令无效，请 ...

看清楚文中的每一个空格

老师，我第一次接触VMD，按您描述的方法做拉曼分子振动矢量图，但是到输入norm4这一步，会显示命令无效，请教一下问题在哪里呢？(脚本问题如下)谢谢老师！

can't set "x(1,1)": variable isn't array
vmd > norm4invalid command name "norm4

对本文的脚本进行了更新，支持了振动分析时对原子做限制的情况，已给本文加入了以下内容：

如果你在Gaussian做freq或opt freq任务中按照《在Gaussian中做限制性优化的方法》（http://sobereva.com/404）中的做法将N个原子的笛卡尔坐标冻结了，运行source GauNorm.tcl之前必须把里面set nfreeze后面的值设为N（默认为0，没有原子被冻结）。

前几天闲逛的时候看到了这个github项目 利用pymol来显示分子振动的动画 感觉比vmd的功能多一些
https://github.com/smutao/PyVibMS
感兴趣的小伙伴可以看一下

Peter_zhong 发表于 2020-10-9 15:40
老师 按您博文说的做，原子数多的话，标签在一侧很乱，cpk模式下，标签还被遮住了。想请问您，还有什么软 ...

CPK下没法避免被遮挡。
只能PS

sobereva 发表于 2020-9-10 03:56
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

老师 按您博文说的做，原子数多的话，标签在一侧很乱，cpk模式下，标签还被遮住了。想请问您，还有什么软件是VMD和Gaussview的结合体吗？ 那样就可以使标签在原子中心不被遮挡，振动矢量又美观。谢谢老师

Peter_zhong 发表于 2020-9-9 08:55
老师 原子标号能显示出来吗 我见您的图中没有

在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

冰释之川 发表于 2020-9-9 09:52
输入振动模式的编号，不是其频率

好的，谢谢冰老师，误以为输入频率了

kay 发表于 2020-9-9 09:34
sob老师，频率类似63.89的，该如何输入呢？刚才测试了一下，提示can't read "x(1,63.89)": no such element ...

输入振动模式的编号，不是其频率