任嘉人amber 发表于 2020-9-19 20:12
老师，这个solvent unit box大小是由什么决定的，也是mol坐标决定的么？还有最后这个total vdw box size ...

程序是把事先平衡好的溶剂盒子往当前体系的真空区域填充，solvent unit box是事先平衡好的溶剂盒子的尺寸。

total vdw box size怎么来的忘了。

sobereva 发表于 2020-9-16 09:34
不让溶剂层有一定厚度的话，当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了，显然结果是虚假的。一般让溶质距离 ...

老师，这个solvent unit box大小是由什么决定的，也是mol坐标决定的么？还有最后这个total vdw box size这个数值是怎么算的呢？

任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:55
老师，我还有一个问题，就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关，如果不设置的话，是不是会与自身重合， ...

不让溶剂层有一定厚度的话，当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了，显然结果是虚假的。一般让溶质距离盒子边界至少1 nm，具体也看情况。

sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

老师，我还有一个问题，就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关，如果不设置的话，是不是会与自身重合，为了避免和自己的重合才要设定这个缓冲区，一般设置的值大概在多少才是合理的呢？

sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

好的，谢谢老师

任嘉人amber 发表于 2020-9-11 16:07
老师，这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么，改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

sobereva 发表于 2020-9-9 06:27
例如z方向，14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃，往两头扩28埃，最后是70.6埃

Solute vdw bounding  ...

老师，这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么，改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

例如z方向，14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃，往两头扩28埃，最后是70.6埃

Solute vdw bounding box是由mol的坐标决定的，跟加多厚的盒子显然没关系。