关于能量最小化后盒子边界的水的问题

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发布时间: 2020-9-10 16:26

1.请教一下为什么能量最小化之后边界水的H和O都分散了呢，如图。刚性水柔性水都试过了。constraints = h-bonds也没啥用。2.此外，首先我用AMBER构建的单个分子top文件。同时在gmx editconf中将多个分子的体系pdb转换 ...

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huangfuxin 发表于 Post on 2020-9-11 12:46:42

cherushui 发表于 2020-9-10 23:06
仅仅是显示问题，像2楼说的用gmx trjconv blabla -pbc mol ，或者在vmd中也可以用pbc wrap -all 命令 ...

学习了谢谢您~

huangfuxin 发表于 Post on 2020-9-11 12:46:13

Lacrimosa 发表于 2020-9-10 20:21
只是显示的问题，不影响后续模拟，warning是说top中的原子名和gro文件中的原子名不一致，这也不会对模拟造 ...

好的谢谢~~

huangfuxin 发表于 Post on 2020-9-11 12:45:53

await 发表于 2020-9-10 16:41
轨迹修复，用gmx trjconv命令

谢谢您

cherushui 发表于 Post on 2020-9-10 23:06:52

仅仅是显示问题，像2楼说的用gmx trjconv blabla -pbc mol ，或者在vmd中也可以用pbc wrap -all 命令都可以处理。

Lacrimosa 发表于 Post on 2020-9-10 20:21:05

只是显示的问题，不影响后续模拟，warning是说top中的原子名和gro文件中的原子名不一致，这也不会对模拟造成影响。

await 发表于 Post on 2020-9-10 16:41:07

轨迹修复，用gmx trjconv命令

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