计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 关于金属蛋白力场选择及参数设置问题的求助

关于金属蛋白力场选择及参数设置问题的求助

查看数: 11254 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 3

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

琦锅锅

发布时间: 2020-9-10 22:00

正文摘要:

我之前使用Gromacs做金属蛋白动力学模拟时，选择的力场是Gromos54a7,出现了如图所示的问题。有人建议我使用Amber力场，但也会出现“Residue ZN165 has type 'Ion', assuming it is not linked into a chain”的问题 ...

回复 Reply

琦锅锅 发表于 Post on 2020-9-14 09:21:47

sobereva 发表于 2020-9-14 06:37
如果pdb2gmx成功产生了该有的文件，就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。

好的，我明白了，非常感谢sob老师耐心解答

sobereva 发表于 Post on 2020-9-14 06:37:56

琦锅锅发表于 2020-9-13 21:09
sob老师。请问一下图中出现的“Residue Zn165 has type ‘Ion’，assuming it is not linked into a chai ...

如果pdb2gmx成功产生了该有的文件，就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。
在我来看最优雅的处理这种不涉及化学键的金属离子方式，是在pdb里先把离子都删掉，用pdb2gmx产生蛋白的拓扑文件和gro文件后，自行再把离子的信息复制到蛋白的gro后头，并且在[moleculetype]里以恰当顺序写上相应的离子数目。这相当于把离子当成了普通配体分子看待，而离子的[moleculetype]在ions.itp里本身就有。

琦锅锅 发表于 Post on 2020-9-12 22:39:03

sobereva 发表于 2020-9-12 05:01
明显列都错位了
pdb文件是固定格式

嗯额，好的，我重新弄一下试试，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2020-9-12 05:01:01

琦锅锅发表于 2020-9-11 11:17
sob老师，我直接在pdb文件中将Zn+改成这样，然后重新生成top文件会出现这样的warning，是我没改对，还是 ...

明显列都错位了
pdb文件是固定格式

琦锅锅 发表于 Post on 2020-9-11 11:19:38

琦锅锅发表于 2020-9-11 11:17
sob老师，我直接在pdb文件中将Zn+改成这样，然后重新生成top文件会出现这样的warning，是我没改对，还是 ...

如果我直接用Discoverystudio生成的pdb文件，里面有价态，也不能生成拓扑。不知道应该改哪个位置才行

sobereva 发表于 Post on 2020-9-11 08:05:33

gmx的54A7的rtp里Zn是ZN2+，因此你得把pdb里Zn的残基名也改成ZN2+才能被pdb2gmx识别
如果模拟过程中，Zn光靠静电作用没法稳定呆住，需要再去加距离限制之类的

琦锅锅 发表于 Post on 2020-9-10 22:18:17

这个是金属酶的pdb结构，我不知道生成拓扑文件时需要怎样添加参数才能识别金属，防止它后期做动力学的时候不会跑飞，求大神们解答，谢谢了

13_clean.pdb

116.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register