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MD结果分析方法求助——如何表征盖子结构开口大小变化

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发布时间: 2015-10-18 22:03

正文摘要:

        简单介绍研究背景:我将PEG嫁接在研究目标酶(结构信息来自PDB数据库)的Lys上,使用Gromacs进行了50ns的模拟。现在MD已经完成,我想找一种方法表征活性中心外的Lid结构的开 ...

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smutao 发表于 Post on 2015-10-20 23:22:47
momian 发表于 2015-10-19 09:45
谢谢回复,回复已看懂。

你是苏大的?
momian 发表于 Post on 2015-10-19 09:45:23
sobereva 发表于 2015-10-18 23:01
写个脚本,对lid1的每个Calpha,计算与lid2的Calpha的最近距离。可以画个图,横坐标是lid1的Calpha,纵坐标 ...

谢谢回复,回复已看懂。
sobereva 发表于 Post on 2015-10-18 23:01:04
写个脚本,对lid1的每个Calpha,计算与lid2的Calpha的最近距离。可以画个图,横坐标是lid1的Calpha,纵坐标就是距离值。比较一下嫁接前后这个曲线就很清楚了。
之后可以再提一些定量的指标衡量改变,比如lid1与lid2的Calpha-Calpha的最近距离,或者再算个RMS距离之类的。

(也可以不限于Calpha,就是统计lid1各个残基的原子与lid2原子的最近距离)

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