求助：amber文件转成psf文件

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发布时间: 2020-9-12 21:17

请问psf文件对应amber的什么文件？是pdb还是prmtop？现在用amber跑的md没有这个文件，分析时要用到，用什么文件通过什么程序转换一下？

回复 Reply

hyr95 发表于 Post on 2020-10-4 15:46:55

sobereva 发表于 2020-9-30 19:21
我不用NAMD，那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷

谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-9-30 19:21:35

hyr95 发表于 2020-9-30 10:11
是转的psf文件不能使用吗？psf文件是对应amber中的什么文件？是*.prmtop吗？

我不用NAMD，那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷

hyr95 发表于 Post on 2020-9-30 10:11:27

sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

是转的psf文件不能使用吗？psf文件是对应amber中的什么文件？是*.prmtop吗？

hyr95 发表于 Post on 2020-9-13 19:42:57

sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

谢谢sob老师，转成功了！

sobereva 发表于 Post on 2020-9-13 03:56:51

amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py，搜手册

fhh2626 发表于 Post on 2020-9-12 21:59:55

没法一一对应，psf储存了分子的连接方式和电荷

NAMD可以读取prmtop(ff19sb除外)，没有转换的必要

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