sobereva 发表于 2024-2-5 03:56
是

好的，谢谢Sob老师

heidou 发表于 2024-2-4 08:52
sob老师，您好！
请问如果要计算第二激发态的原子受力图，是不是在TD后面加上（nstates=6,root=2）就可以 ...

是

sob老师，您好！
请问如果要计算第二激发态的原子受力图，是不是在TD后面加上（nstates=6,root=2）就可以了，麻烦老师了。

sobereva 发表于 2024-2-3 05:04
pdb往VMD main里拖，别拖到文本窗口里

好的，谢谢sob老师

heidou 发表于 2024-2-2 15:52
各位老师好，
我在计算原子力时，把pdb文件载入到VMD里，回车后会显示invalid command name "D:Lenovosoft ...

pdb往VMD main里拖，别拖到文本窗口里

各位老师好，
我在计算原子力时，把pdb文件载入到VMD里，回车后会显示invalid command name "D:LenovosoftstoreVMDlm318-force.pdb". 然后我编辑forcevec.tcl后在VMD的文本窗口里输入source forcevec.tcl，回车会显示couldn't read file "forcevec.tcl":no such file or directory.编辑的内容如下图以及它的log文件部分输出图。请给位老师帮忙看一下哪里有错误，谢谢！

sobereva 发表于 2023-10-17 21:00
脚本里传给drawarrow命令的受力矢量$fx($i) $fy($i) $fz($i)的模对应箭头长度
显然从drawarrow脚本里你 ...

好的，谢谢老师

wanan 发表于 2023-10-17 16:52
请问sob老师，您上面给出的例3中的紫色箭头和绿色箭头的长短要怎么调整呢？

脚本里传给drawarrow命令的受力矢量$fx($i) $fy($i) $fz($i)的模对应箭头长度
显然从drawarrow脚本里你可以看到具体命令是怎么构成的，涉及到利用VMD内置的绘制cone和cylinder的命令。自己用这样的命令绘制箭头时显然恰当给定端点的坐标就完了，cylinder的两个端点坐标间的距离对应箭头的圆柱部分的长度

sobereva 发表于 2023-10-16 23:30
所有原子的箭头粗细是相同的，由开头的set rad 0.1决定
判断大小就是tcl语法层面的问题，看看http://bbs ...

请问sob老师，您上面给出的例3中的紫色箭头和绿色箭头的长短要怎么调整呢？

sobereva 发表于 2023-10-16 23:30
所有原子的箭头粗细是相同的，由开头的set rad 0.1决定
判断大小就是tcl语法层面的问题，看看http://bbs ...

好滴，谢谢sob老师，我去看看

wanan 发表于 2023-10-16 20:54
请问sob老师，您上面提到的原子受力的大小的代码，怎么修改一批原子中受力的箭头大小和判断这一批原子的受 ...

所有原子的箭头粗细是相同的，由开头的set rad 0.1决定
判断大小就是tcl语法层面的问题，看看http://bbs.keinsci.com/thread-157-1-1.html里的tcl教程很快就能学会

请问sob老师，您上面提到的原子受力的大小的代码，怎么修改一批原子中受力的箭头大小和判断这一批原子的受力大小呢？

小和尚 发表于 2022-5-27 21:09
各位老师，请问我在使用教程中的示例文件作图时， 总是显示 “ wrong # args: should be "set varName ?new ...

可能forcevec.tcl里的路径没设对，或者用脚本前没载入相应的体系的pdb文件
并且确保用的VMD 1.9.3

各位老师，请问我在使用教程中的示例文件作图时， 总是显示 “ wrong # args: should be "set varName ?newValue?"  ”，请问这种情况怎么解决呢？谢谢呀！