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谈谈Gaussian产生downhill路径的功能

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发布时间: 2020-9-14 06:00

正文摘要:

谈谈Gaussian产生downhill路径的功能On the function of Gaussian program for generating downhill paths 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-14 1 前言 在Gaussian程序的IRC关键词中,有一个叫dow ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-13 01:12:11
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-12 19:45
既然irc(downhill)任务对初始结构没有要求,有可能其Hessian矩阵会有不止一个负本征值,此时弛豫路径初始方 ...

1 类似于IRC从中途(受力不为0)开始走的情况。算法轻微影响得到的路径

2 可以尝试自行按特定虚频模式挪动一下结构后走downhill
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-4-12 19:45:00
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-4-12 19:48 编辑

既然irc(downhill)任务对初始结构没有要求,有可能其Hessian矩阵会有不止一个负本征值,此时弛豫路径初始方向与负本征值对应方向是什么关系呢,取决于算法么?

以及,Gaussian有没有什么设置能指定弛豫路径的走向?比如在某势能面上通过几何优化、振动分析找到一个二阶鞍点,然后想沿着两个不同的虚频方向做downhill任务,获得从二阶鞍点弛豫到不同极小点的路径轨迹,此时就需要这样的功能。

(来一个简单的测试例子:GaussView片段库的环戊烷平面构象,不做clean不做opt也不对称化,直接在B3LYP/6-31G(d)下做freq任务就能看到两个虚频,对应不同构象翻转的方向。)
wanan 发表于 Post on 2023-10-19 09:43:28
sobereva 发表于 Post on 2023-10-18 21:40:23
wanan 发表于 2023-10-18 19:34
请问各位老师,用没有电场优化的结构,在电场下跑IRC(downhill)和直接在电场下优化得到的最终结果或结构是 ...

wanan 发表于 Post on 2023-10-18 19:34:27
请问各位老师,用没有电场优化的结构,在电场下跑IRC(downhill)和直接在电场下优化得到的最终结果或结构是不是相类似的?
星斗如盘 发表于 Post on 2022-5-27 15:00:18
sobereva 发表于 2022-1-5 10:36
你可以试试
需要恰当设置downhill任务产生的点的反应坐标的数值才有可能拼接

现在感觉这是一个很好续接IRC任务的方法。如果分子比较大,irc=calcall使用不起,只能使用irc=calcfc,有可能中间报错或者曲线不平滑,在需要的地方使用irc=downhill续算是个很好的选择
sobereva 发表于 Post on 2022-1-5 10:36:29
星斗如盘 发表于 2022-1-5 10:04
因为IRC过程不稳定,经常报错,报错了就取最后一帧的结构进行downhill过程,downhill报错了,继续取最后 ...

你可以试试
需要恰当设置downhill任务产生的点的反应坐标的数值才有可能拼接
星斗如盘 发表于 Post on 2022-1-5 10:04:29
sobereva 发表于 2022-1-5 00:57
原理上得到的信息是相同的,但跑的步数和轨迹恰好相同那未必,里面还牵扯到算法数值细节,如Hessian矩阵 ...

因为IRC过程不稳定,经常报错,报错了就取最后一帧的结构进行downhill过程,downhill报错了,继续取最后一帧IRC,最后把所有的过程拼接起来,能不能当成一个完整的IRC过程呢?
sobereva 发表于 Post on 2022-1-5 00:57:18
星斗如盘 发表于 2022-1-5 00:50
如果IRC步数比较少,取IRC过程的最后一帧结构做downhill,得到的结果和增加IRC步数得到的结果一样吗?

原理上得到的信息是相同的,但跑的步数和轨迹恰好相同那未必,里面还牵扯到算法数值细节,如Hessian矩阵的更新等
星斗如盘 发表于 Post on 2022-1-5 00:50:41
如果IRC步数比较少,取IRC过程的最后一帧结构做downhill,得到的结果和增加IRC步数得到的结果一样吗?
wzkchem5 发表于 Post on 2020-9-22 23:44:24
这个方法是不是对于无势垒的反应的VTST速率常数/隧穿校正计算比较有用?
sobereva 发表于 Post on 2020-9-22 22:57:30
15whyhq 发表于 2020-9-22 17:19
这个动态图是怎么做的?

gview直接保存的gif动画
喵星大佬 发表于 Post on 2020-9-22 17:35:21
15whyhq 发表于 2020-9-22 17:19
这个动态图是怎么做的?

GV播放动画然后用什么东西录一下
15whyhq 发表于 Post on 2020-9-22 17:19:26
这个动态图是怎么做的?

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