求助，使用gromacs进行SDS水溶液中的模拟过程频繁报错

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发布时间: 2020-9-16 10:23

本帖最后由牧生于 2020-9-16 11:38 编辑 1、首先使用M$画出了十二烷基硫酸钠阴离子部分的分子结构，另存为pdb文件，上传到http://bio2byte.be/acpype/，电荷由user指定为-1，获得一个压缩包，使 ...

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牧生 发表于 Post on 2021-1-13 10:53:22

能量最小化当然是用steep

出现警告是别的原因，自己多检查一下mdp文件，网上也有别的很多可以参考的文件，最终是可以解决问题的。

黑择明 发表于 Post on 2021-1-13 09:31:45

牧生发表于 2021-1-13 07:37
解决了。如果你的模拟有警告，试试做两次em

我看楼主一开始发的问题，先做了两次能量最小化，结果还是出了一堆警告？

黑择明 发表于 Post on 2021-1-13 09:24:43

牧生发表于 2021-1-13 07:37
解决了。如果你的模拟有警告，试试做两次em

是重复做两次能量最小化吗？楼主最小化里integrator用的是steep还是cg？

牧生 发表于 Post on 2021-1-13 07:37:51

黑择明发表于 2021-1-12 20:40
请问一下楼主解决这个问题了吗？我前面额外做了控温控压力的平衡，然后进行的模拟，也是出现了一对警告，类 ...

解决了。如果你的模拟有警告，试试做两次em

黑择明 发表于 Post on 2021-1-12 20:40:47

请问一下楼主解决这个问题了吗？我前面额外做了控温控压力的平衡，然后进行的模拟，也是出现了一对警告，类似relative constraint deviation after LINCS这种的，楼主是怎么解决的？

nianbin 发表于 Post on 2020-11-27 23:14:47

你发这么长是想让大佬给你来个基础培训班么

Lacrimosa 发表于 Post on 2020-9-16 11:52:43

问题1：你注释的三行在#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"中已经出现过了，不能重复出现

Lacrimosa 发表于 Post on 2020-9-16 11:50:56

体系崩溃一般是结构不合理或者力场有问题，不要用constraints = all-bonds，用hbonds，先关掉控压，把控温开启，跑nvt，步长设为0.001，其余参数用默认的即可，不了解的不要随意设置。

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