sobereva 发表于 2020-9-19 09:14 好的,多谢sob老师的回复,我再仔细的看一下相关的博文 |
shaco 发表于 2020-9-17 15:23 本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法,反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用,下文介绍了 静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html |
sobereva 发表于 2020-9-17 12:43 感谢sob老师的回复,我还想请教一下,如果按照我这个结构的情况,想考察2个异氰酸酯的反应活性差距,还有没有其他的办法呢?因为如果左边的那个异氰酸酯基上找不到合适的静电势极大点(就是在用ESPext找表面顶点然后找不到),是不是就没办法比较了,只能换其他的方法比如比较原子电荷和福井函数了?再次感谢您的帮助! |
|
极大点是否存在是数学定义上的事,左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了,本来就不存在相应的极大点。 你若想要那个区域的静电势的具体数值,用下文里提及的ESPpt方式显示表面顶点,在VMD里用键盘上的0进入查询模式,点击一个表面顶点,看文本窗口里的index号,然后去vtx.pdb查询相应表面顶点的静电势的值(B因子那一列)就完了。假设index号是5,那么将vtx.pdb里开头的多余的信息删掉后,就对应于位于第5+1=6行的表面顶点。 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示) http://sobereva.com/443(http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html) |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-20 05:53 , Processed in 1.938192 second(s), 25 queries , Gzip On.