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求助在分析表面静电势的时候,感兴趣的反应位点处没有出现静电势极大值点应该怎么办?

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发布时间: 2020-9-16 20:41

正文摘要:

请教各位老师,最近我在参照sob老师的博文《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》进行研究时遇到了一些问题,图中是我研究的体系,我想考察结构中2个异氰酸酯基的反应活性差距, ...

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shaco 发表于 Post on 2020-9-19 13:04:21
sobereva 发表于 2020-9-19 09:14
本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法,反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用,下文介绍 ...

好的,多谢sob老师的回复,我再仔细的看一下相关的博文
sobereva 发表于 Post on 2020-9-19 09:14:45
shaco 发表于 2020-9-17 15:23
感谢sob老师的回复,我还想请教一下,如果按照我这个结构的情况,想考察2个异氰酸酯的反应活性差距,还有 ...

本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法,反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用,下文介绍了
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
shaco 发表于 Post on 2020-9-17 15:23:56
sobereva 发表于 2020-9-17 12:43
极大点是否存在是数学定义上的事,左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了,本来就不 ...

感谢sob老师的回复,我还想请教一下,如果按照我这个结构的情况,想考察2个异氰酸酯的反应活性差距,还有没有其他的办法呢?因为如果左边的那个异氰酸酯基上找不到合适的静电势极大点(就是在用ESPext找表面顶点然后找不到),是不是就没办法比较了,只能换其他的方法比如比较原子电荷和福井函数了?再次感谢您的帮助!
sobereva 发表于 Post on 2020-9-17 12:43:58
极大点是否存在是数学定义上的事,左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了,本来就不存在相应的极大点。

你若想要那个区域的静电势的具体数值,用下文里提及的ESPpt方式显示表面顶点,在VMD里用键盘上的0进入查询模式,点击一个表面顶点,看文本窗口里的index号,然后去vtx.pdb查询相应表面顶点的静电势的值(B因子那一列)就完了。假设index号是5,那么将vtx.pdb里开头的多余的信息删掉后,就对应于位于第5+1=6行的表面顶点。
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

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