QYQ 发表于 2024-5-15 20:35 你解决了吗？我也是两条链  |
hanlu 发表于 2023-10-19 17:00 请问老师2、具体要怎么解决呀，我正在做一个两条链的蛋白的动力学模拟，到了加离子这一步显示有错误：Fatal error: Syntax error - File topol.top, line 40 Last line read: '[ atomtypes ]' Invalid order for directive atomtypes 看文件夹的文件确实生成了两条链的itp文件 |
| 我今天也遇到这种报错，归根结底是以下几个原因: 1 要知道在top文件里面中atomtypes永远都要在moleculetype前面，这点是毋庸置疑的，因此include itp文件要注意，2 有的人知道第一点，但是在蛋白生成拓扑文件的时候，对于蛋白的itp文件不是很了解，仅有一个蛋白的话，这个蛋白的itp内容就是在topol文件里面；如果有两条链的蛋白或者离子的话，就会产生单独的itp文件，就只会在topol文件中引入，这两点仅是个人观点。 |
lixuan 发表于 2023-6-29 14:09 任何时间（步骤），任何地点（在.top里使用#include的位置），把你要包含的文件内容看作直接复制进去，[atomtypes]是否出现在[moleculetypes]的后面。或者你粗暴点，文件备份然后直接复制进去，在所有[atomtypes]处向上查找，能找出来就是fatal error |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 3 | 谢谢 |
Alpaca 发表于 2023-5-27 20:41 请问你解决这个问题了吗？ |
| 请问这个问题你解决了吗？我今天也遇到这样的问题，麻烦解答一下 |
本帖最后由 琦锅锅 于 2020-9-17 19:50 编辑 sobereva 发表于 2020-9-17 12:47 |
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一看截图就是错的，你对拓扑文件的理解一团糟 一个[moleculetype]里面怎么可能定义两个分子 明明Xanthoangelol.itp里都定义了[atomtypes]，你还把这个itp在靠后的位置include，明显导致其中的[atomtypes]出现在其它的[moleculetype]后头 |
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