求助：关于表面活性剂分子和水中O原子的rdf的计算问题

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发布时间: 2020-9-17 08:31

卢老师，再次麻烦您，我的体系是长方形盒子，两边真空，中间是水，水里有表面活性剂，经过5ns模拟，表面活性剂已经跑到水的表面。我的表面活性剂有三处能形成氢键的地方，头基有个NH3+，还有两个羰基氧。您看对吗 ...

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明园 发表于 Post on 2020-9-17 14:06:50

sobereva 发表于 2020-9-17 13:12
你不能把整个表面活性剂分子都当做参考组，否则得到的是对各个原子平均化的rdf，并没有什么实际意义。
你 ...

好的谢谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-9-17 13:12:51

你不能把整个表面活性剂分子都当做参考组，否则得到的是对各个原子平均化的rdf，并没有什么实际意义。
你若要考察亲水基团与水的rdf，参考组就应当只定义为亲水基团部分的原子。

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