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NVT控温LINCS warning

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jz_zhu

发布时间: 2020-9-17 09:42

正文摘要:

蛋白-小分子配体体系，gromacs2019版，amber14sb力场，小分子的itp由antechamber-acpype而来，随后include到蛋白的top中，形成complex，正常solvate, genion, em，NVT时出现LINCS warning，最后挂掉。已尝试办法： ...

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jz_zhu 发表于 Post on 2020-9-19 13:55:24

sobereva 发表于 2020-9-17 13:10
不要在不低的温度下直接gen_vel=yes，初速度大容易崩

mdp里要求每一步都往xtc里写入，仔细观看动力学过 ...

好的，谢谢老师的回复。我再找找问题，如果成功解决，再上来分享经验

sobereva 发表于 Post on 2020-9-17 13:10:20

不要在不低的温度下直接gen_vel=yes，初速度大容易崩

mdp里要求每一步都往xtc里写入，仔细观看动力学过程的轨迹，分析什么原因所致

并且人工仔细检查原子类型、原子电荷指认的合理性

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