CCmaters 发表于 2020-10-4 17:58 1 方法没有问题。本身碳带一定量的负电荷，所以1、2、3静电势极小点的静电势为负是正常的。极小点4、5的静电势为正，这是数学上对极小点的定义而产生的，没有实际化学意义 2 你对输出信息理解有误。诸如12号原子的7.53598，是指的12号原子整个局部表面上静电势平均值，是正值，这和化学直觉一致。那三列数据是total average、positive average、negative average，即总平均值、正值部分平均值、负值部分平均值 |
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CCmaters 发表于 2020-9-25 15:28 对于分析范德华表面静电势的情况，只能用隐式溶剂模型 |
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CCmaters 发表于 2020-9-25 15:28 那样不好定义范德华表面了吧，比如一个氢键给体和水形成氢键之后，范德华表面静电势只能看出这个氢侧面的静电势，也就是这个氢同时和侧面的一个氢键受体形成第二根氢键的难易程度，这个和你需要算的就不一样了。 |
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sobereva 发表于 2020-9-21 11:11 多谢社长答疑解惑！ 衍生出来一个问题，看您能否抽时间回答一下。 考虑带电荷的小分子在某些溶剂（e.g. 水）当中存在可能被极化的情况， 进行计算时是不是用<显示水>模型更符合实际情况呢？ 如果是的话，有没有使用显示水优化比较好的例子或者参考文献呢？ many thanks！ |
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计算范德华表面静电势，这是非常常用的指标。在氢的局部表面上静电势越正说明是越好的氢键给体，在受体原子附近表面静电势越负说明是越好的氢键受体。但还要考虑受体电子的可极化性，这是另一码事。 使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用 http://sobereva.com/159 使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 http://sobereva.com/196 |
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