xishaofan 发表于 2025-9-27 15:34
老师，油水+表面活性剂的体系跑MD（三步：em，npt平衡，npt生产）使用的是npt系综。
但当我在相同设置下 ...

倘若你算单个分子时还用了NPT，显然得改成NVT，否则盒子越来越小

sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD，得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD，得到平均能能量作为E_decane ...

老师，油水+表面活性剂的体系跑MD（三步：em，npt平衡，npt生产）使用的是npt系综。
但当我在相同设置下，对单个表面活性剂分子在真空下跑MD，npt生产步骤出现出现报错“ERROR 1 [file system.top, line 11]:ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.”
请问一下，这个步骤增加盒子尺寸或者减少rlist，对计算界面形成能有影响吗，能如何修改（表面活性剂分子太小，使用npt系综不可避免会造成盒子过小）？或者我用nvt系综，对单个表面活性剂分子在真空下跑MD，此时得到的能量可用于计算界面形成能吗？

xishaofan 发表于 2025-9-25 09:57
老师，你这谈到的平均能量是指七楼图片中的 10 Potential 还是 12 Total-Energy 的平均值？

后者

sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD，得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD，得到平均能能量作为E_decane ...

老师，你这谈到的平均能量是指七楼图片中的 10 Potential 还是 12 Total-Energy 的平均值？

sobereva 发表于 2023-5-1 10:51
对油水+表面活性剂的体系跑MD，得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD，得到平均能能量作为E_decane ...

好的，感谢卢老师的指点

Jus 发表于 2023-5-1 07:08
请问卢老师，3-3式里的每一项该怎么算，是把表面活性剂分子单独设一个索引组，energygrps指定它，产生tpr ...

对油水+表面活性剂的体系跑MD，得到平均能能量作为E_total
对油水体系跑MD，得到平均能能量作为E_decane-water
对单个表面活性剂分子在真空下跑MD，得到平均能量作为E_surfactant

sobereva 发表于 2020-9-22 18:42
应该可以

在相同设置下，计算一个真空的表面活性剂

请问卢老师，3-3式里的每一项该怎么算，是把表面活性剂分子单独设一个索引组，energygrps指定它，产生tpr文件，然后结合之前的轨迹文件rerun，得到新的edr文件，再用gmx energy计算吗。
如果是这样的话，那图片里面的哪几项为E total、E surface、E decane-water

jimulation 发表于 2021-9-18 12:33
博士学位论文，知网里可以搜到

没有搞明白界面形成能值越大，说明表面活性剂与水作用更强，界面张力越低。说的是界面形成能得绝对值还是就是这个负数得大小。

努力学习 发表于 2021-9-18 08:43
可以问一下楼主，这篇论文是叫什么名字吗，我也想了解一下界面生成能这一块的知识。

博士学位论文，知网里可以搜到

可以问一下楼主，这篇论文是叫什么名字吗，我也想了解一下界面生成能这一块的知识。

sobereva 发表于 2020-9-22 18:42
应该可以

在相同设置下，计算一个真空的表面活性剂

好的谢谢卢老师。

应该可以

在相同设置下，计算一个真空的表面活性剂