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求助：进行分子动力学模拟的out文件出现wrapping first mol

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chensy

发布时间: 2020-9-22 08:26

正文摘要:

请问在进行蛋白-配体的分子动力学模拟的时候，中途出现wrpping first mol，会不会对之后的运动轨迹的分析有影响？

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DoubeeTwT 发表于 Post on 2020-9-24 10:48:02

应该是没有问题的，如果你不想要wrap,在md.in里可以把参数修改了不要做
iwrap=1, ! The coordinates written to the restart and trajectory files will be "wrapped" into a primary box.
把iwrap改成0或者删除这个参数设置

sobereva 发表于 Post on 2020-9-22 17:44:19

之后看看轨迹，如果蛋白、配体分子运动没有问题、轨迹是连续的就没事

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