sobereva 发表于 2020-9-28 12:27
不改源代码的话应该没法实现

Sob老师，我在源码（src/gromacs/mdlib/boxdefroamtion.cpp)这里将0.5 都调整了，可是依然没有任何变化，甚至报错，应该如何做出修改呢？


   /* We correct the off-diagonal elements,
     * which can grow indefinitely during shearing,
     * so the shifts do not get messed up.
     */
    for (int i = 1; i < DIM; i++)
    {
        for (int j = i - 1; j >= 0; j--)
        {
            while (updatedBox[j] - box[j] > 0.5 * updatedBox[j][j])
            {
                rvec_dec(updatedBox, updatedBox[j]);
            }
            while (updatedBox[j] - box[j] < -0.5 * updatedBox[j][j])
            {
                rvec_inc(updatedBox, updatedBox[j]);
            }
        }
    }
    invertBoxMatrix(box, invbox);
    // Return the updated box
    copy_mat(updatedBox, box);
    mmul_ur0(box, invbox, mu);

不改源代码的话应该没法实现