xxzj 发表于 2019-5-18 16:37 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html） |
sobereva 发表于 2015-10-22 22:17 老师，一般方法都是计算两个分子间的相互作用，我想请问一下，如何计算单分子的分子内两个原子间的相互作用呢，谢谢老师 |
lao7 发表于 2015-10-25 12:05 谢谢lao7，比我做的好太多了。  文献已下载，正在哇哇学习中。 |
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H..O之间，H..H，和H..C-OH之间的弱引力. 可以看看我第一次做的图，现在看还有待提高，但还是比你做的好些，毕竟你这个体系很简单！ https://www.researchgate.net/pub ... tic_Resistant_Genes |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
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本帖最后由 HERO 于 2015-10-25 11:05 编辑 sobereva 发表于 2015-10-25 10:35 万分谢谢sob的回复，有种豁然开朗的感觉，有问题再想您请教。呵呵 紧张学习中。。。 |
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用Multiwfn考察激发前后电荷转移的密度差图（手册4.18.3节）、用Multiwfn做电子-空穴分析（见手册4.18.1节）。原子电荷也行，但Mulliken这种比较烂的布居方法尽量别用，可以用Hirshfeld、NPA、ADCH。 对激发态做RDG分析，一方面是先优化激发态，另一方面要用TD(root=x) density out=wfn或wfx，以把第x激发态的自然轨道写入wfn/wfx文件中，这样分析的才是激发态的密度。否则不写denisty的话程序可能只是将基态密度写入wfn/wfx文件中，这样结果就不太合理了。 从图上看，激发态下分子间弱相互作用程度增加了，等值面面积加大。从spike上看，负值部分的spike一定程度上往更负方向移动，故也有强度增强趋势。 |
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你是考察电子激发对弱相互作用的影响？基态和激发态是分别优化的么？考察激发态时是用的激发态密度么？ 图片应当用png或jpg格式，不要用gif，因为gif格式色彩最多只有256，图片的色阶太严重，不好考察。 |
| 别用chemcraft啊，又丑又收费，要用VMD来画，手册里和博文里都说明了方法，multiwfn算完格点数据，执行个脚本就画出来了。当前这个图很难观察。 |
lao7 发表于 2015-10-23 21:25 谢谢lao7，图是按照说明一步步来的，没有做调整，用chemcraft画的，中心和坐标间距怎样调整？ 苯环中间的绿色代表啥意思？ 谢谢！ |
HERO 发表于 2015-10-23 21:01 双氢键有作用 分子力级别 另外一个看不出来 这图做的也太丑了！估计中心和坐标间距没有选好！ |
sobereva 发表于 2015-10-22 22:17 谢谢Sobereva的回复，学习中，  |
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