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请问ReaxFF模拟出来的轨迹为什么在VMD中显示不了氢键

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li447fan

发布时间: 2020-9-28 21:14

正文摘要:

1、把轨迹保存成了pdb文件和gro文件，都没有正确显示出来氢键，representations中的设置如图1；且利用extensions-analysis-hydrogenbonds时，会出现list element in braces followed by ":" instead of space li ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-9-30 19:29:23

我就试了mouyizhen.pdb，能正常显示氢键

li447fan 发表于 Post on 2020-9-29 16:36:05

sobereva 发表于 2020-9-29 11:44
把其中一帧pdb压缩后上传，别人看看就知道了

好的，我把轨迹其中的一帧上传

2400.xyz

167.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

xyz格式的某一帧

mouyizhen.pdb

321.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

轨迹中的某一帧

initial.pdb

330.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

轨迹中开头的定义以及第一帧

sobereva 发表于 Post on 2020-9-29 11:44:17

把其中一帧pdb压缩后上传，别人看看就知道了

sobereva 发表于 Post on 2020-9-28 21:31:13

必须让VMD识别出来元素。如果用pdb格式，每一列最后应当有元素信息，确保VMD正确识别出元素。

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