cavalier 发表于 2020-10-7 14:24
感谢jimulation和sob老师的回复，我感觉很有道理。
我用来rerun的mdp如下：
title               =  BP ...

rerun时coulombtype应设为cut-off，且其值不大于最短边长的一半

ulosggs 发表于 2020-10-7 20:44
Ewald计算长程作用要求体系是电中性。不然得出来的能量数值是没有意义的。

实践上倒是会加背景电荷平衡，不过确实这种设置会平添风险。

Ewald计算长程作用要求体系是电中性。不然得出来的能量数值是没有意义的。

cavalier 发表于 2020-10-7 14:24
感谢jimulation和sob老师的回复，我感觉很有道理。
我用来rerun的mdp如下：
title               =  BP ...

受镜像影响主要体现在长程方面，你可以考虑看一下Ewald Summation。

如果是个常数就合理，不用管。周期性体系里加一个粒子，能量比空盒子高，也挺合理的。

sobereva 发表于 2020-10-7 00:08
库仑作用随距离衰减很慢。我不知道你怎么算的静电相互作用，应当在贴子里给出mdp。不为零大抵是和镜像的相 ...

感谢jimulation和sob老师的回复，我感觉很有道理。
我用来rerun的mdp如下：
title               =  BPTI in water, 373K
cpp                 =  /lib/cpp
integrator          =  md
dt                  =  0.001    ; ps !
nsteps              =  150000000        
comm-mode                = None
nstcomm             =  0
nstxout             =  0
nstvout             =  0
nstfout             =  0
nstxtcout           =  2500
nstlog              =  2500
nstenergy           =  0
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
rlist               =  1.4
rcoulomb            =  1.4
rvdw                =  1.4

Tcoupl              =  v-rescale
tc-grps                   =   SOL CNT CNP NIT NA CB CAP CAN NB
tau_t               =   0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
ref_t               =   300 300 300 300 300 300 300 300 300

energygrps         =  SOL CNT CNP NIT NA CB CAP CAN NB
acc_grps            =  CAP CAN
accelerate          =  0.0 0.0 0.7 0.0 0.0 -0.7
freezegrps          =   CNT  CNP CAP CAN
freezedim           =   Y Y Y Y Y Y Y Y N Y Y N
Pcoupl              = no
gen_vel             =  no

我的盒子是3*3*40nm，很可能是xy方向上比较小导致了这个情况的发生，这么说，我的模拟中NA离子也会受到它的镜像影响吗？那岂不是我的模拟本身就不合理了！
抑或是仅energy命令计算时有这个问题？

库仑作用随距离衰减很慢。我不知道你怎么算的静电相互作用，应当在贴子里给出mdp。不为零大抵是和镜像的相互作用

会不会是与镜像之间的相互作用