jitou11 发表于 2023-7-6 16:22
借楼问一下
gaussian是否支持对包含虚原子自由度的柔性扫描？
就像附件里的那样，附件的那个会报错，

不支持

yanmu 发表于 2019-2-16 17:42
老师，我的fragment这里是灰色的怎么回事啊

Builder里没选择片段

sobereva 发表于 2015-10-26 11:02
先选中环上的原子，然后

老师，我的fragment这里是灰色的怎么回事啊

请问我用虚原子定位，通过改变键长的方法进行势能面扫描，即用该贴讲述的方法做，为什么连二苯只有一个苯环动，而另一个苯环不动？恳请各位老师指导，谢谢。

liyuanhe211 发表于 2015-10-26 11:08
选中苯环那几个原子，右键，有个选项（突然想到在键的中间加虚原子也可以这么干(-_-)）

哦哦。谢谢您的指点！又让我长知识了！

小书童 发表于 2015-10-26 08:45
谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做 ...

选中苯环那几个原子，右键，有个选项（突然想到在键的中间加虚原子也可以这么干(-_-)）

sobereva 发表于 2015-10-26 11:01
虚原子 (Dummy atom)，符号为X，除了辅助用于构建结构、作为定位外毫无它用。
鬼原子 (Ghost atom)， ...

谢谢老师，我记下了！

sobereva 发表于 2015-10-26 11:02
先选中环上的原子，然后

太感谢老师了，总是帮我解决问题！

小书童 发表于 2015-10-26 08:45
谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做 ...

先选中环上的原子，然后

小书童 发表于 2015-10-26 08:46
谢谢SOb老师的解答，我明白如何操作了。还想请教一个问题，就是X和Bq这两个有何区别，什么时候用哪一个呢 ...

虚原子 (Dummy atom)，符号为X，除了辅助用于构建结构、作为定位外毫无它用。
鬼原子 (Ghost atom)，符号为Bq，是指某个位置带有基函数，但是又不像原子那样带有电子和核电荷。这对于一些计算任务有特殊用处，比如做Counterpoise校正解决BSSE问题、设定键函数（位于两个原子原子之间区域的基函数）等。Gaussian还有些任务虽然需要利用鬼原子，但此时鬼原子只是起到定位作用而不带有基函数，如计算NICS研究芳香性。

sobereva 发表于 2015-10-26 00:17
因为虚原子是后加的，并没有和4C、8C成键。

这种体系用笛卡尔坐标扫描27S就完了。把多环芳烃置于XY平面 ...

谢谢SOb老师的解答，我明白如何操作了。还想请教一个问题，就是X和Bq这两个有何区别，什么时候用哪一个呢？

liyuanhe211 发表于 2015-10-26 02:30
把分子画出来（注意应当是优化过的结构），随便点一个Dummy atom（即X，不是Bq，暂且称之为傀儡原子，不 ...

谢谢您详细的解答，我已经按照您的指示做到了!还想在请教一个问题，在苯环最中心添加虚原子X，这该怎么做呢？有什么技巧吗？

把分子画出来（注意应当是优化过的结构），在双键中间添加一个Dummy Atom（不知道如何翻译，暂且成为傀儡原子）

删掉桥键原子间的成键

使两个桥键原子分别和傀儡原子成键

随便点一个S，把如图的二面角设成90

把键角设成90，通过两个平面使得S-X键垂直于平面

使S与傀儡原子成键

在原子列表中将Z-Matrix的S成键的成键对象改为傀儡原子，可见Bond值变为当前的S-X键键长

保存即得到下列文件，对B27进行扫描即可

因为虚原子是后加的，并没有和4C、8C成键。

这种体系用笛卡尔坐标扫描27S就完了。把多环芳烃置于XY平面上，然后把27S的Z坐标作为变量来扫描其数值。