求助在运行gromacs时出现Too many LINCS warnings (13188)

查看数: 13659 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 7

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-10-10 19:29

用MS建模生成的PS聚苯乙烯的pdb文件，然后用gromacs的editconf命令将pdb文件转成gro坐标文件，用gromacs预编译操作grompp可以生成tpr运行文件，但是在mdrun的时候出现了下面的LINCS错误，是为什么呢？立场文件应该是 ...

回复 Reply

李赛亚 发表于 Post on 2024-8-24 16:12:13

本帖最后由李赛亚于 2024-8-24 16:13 编辑

我把md.mdp里的dt从0.002改成了0.001，然后跑通了
用的代码gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 12

hanlu 发表于 Post on 2023-9-22 11:55:01

你好，我也是遇到同样的情况，是用MS扩胞，跑MD的，麻烦问一下你最后是怎么解决的，或者找到是什么原因造成这样的报错

sobereva 发表于 Post on 2020-10-10 21:29:58

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register