你上传的这个SDS_GMX.gro文件当中没有氢是嘛，而且是不是有两个双键的S-O键没有表示出来

xuzekun 发表于 2024-9-10 20:47
您好，我现在也遇到了同样的问题，请问您当时是什么问题，怎么解决的呢

请问问题解决了吗

探索者 发表于 2024-6-12 22:22
找到问题了，谢谢老师

您好，我现在也遇到了同样的问题，请问您当时是什么问题，怎么解决的呢

找到问题了，谢谢老师

探索者 发表于 2024-6-12 20:58
这个是3个分子的相关文件

老师，刚刚又检查发现，atomtypes重复定义了两次c3，删除下边的一个，重新试了一下，还是报错

这个是3个分子的相关文件

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师好，我再合并3个itp文件时，还是有这个问题，仔细检查后，还是出错，麻烦老师帮我看看

Smes 发表于 2023-4-8 11:09
老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

如果确定是对应上的，就可以忽略这个提醒，继续下一步。

牧生 发表于 2023-4-6 07:08
不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是 ...

老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

Smes 发表于 2023-4-5 23:28
老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有[/b ...

不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是没问题的。

如果warning太多，后面的部分有不对应的，比如C1-O，这就不对了。可能需要修改分子出现的顺序或者top。

amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp是自带的，在你当前GMX的目录下面的

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp。这个看起来是力场文件是不是gmx直接内置呢。还是要自己找呢

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师我遇到的情况跟这差不多，我是模拟电解液体系：包括锂离子，六氟磷酸根离子，ec,dec分子。
我的工作步骤是，先用sobtop得到四个分子的itp，使用packmol得到盒子的pdb文件，手写了top文件和mdp文件。我看了您的一些帖子，我把所有itp文件中atomtypes直接全剪到ec.itp后面，进行 gmx grompp -f test.mdp -c elbox.pdb -p elbox.top -o nvt-pr.tpr结果还是报错(pdb文件太大没法上传)。烦请老师帮忙看看，哪里出错

wyfgg 发表于 2022-5-24 20:30
我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您 ...

牧生老师的研究方向跟我太契合了

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您当时的top与pdb原子类型不匹配的阶段T^T