hzy777 发表于 2025-3-14 15:36
从我最近计算的体系来看，这样提取之后的fchk文件是可以进行相关分析的(至少Multiwfn不报错，能算完，然 ...

收到，感谢回复。

fffmmmzck 发表于 2025-3-14 15:13
兄弟 兼容吗

从我最近计算的体系来看，这样提取之后的fchk文件是可以进行相关分析的(至少Multiwfn不报错，能算完，然后那些屏幕上输出的参数基本合理)，做空穴电子分析输出的electron和hole.cub文件看上去也是合理的，但是Cele和Chole看上去斜交于整个分子的共轭平面，和单独的没有蛋白环境的情况对比起来看，显得十分诡异

guodx 发表于 2023-2-16 10:14
好的，谢谢sob老师，我试试

兄弟 兼容吗

sobereva 发表于 2023-2-16 05:14
上面的方式产生fch。至于基于这样的fch和Gaussian输出文件用Multiwfn的空穴-电子分析是否兼容，没测 ...

好的，谢谢sob老师，我试试

guodx 发表于 2023-2-15 11:02
请问老师，那这样用oniom分层做激发之后，在multiwfn中就没法进行NTO和e-h等相关激发态分析了吗？可以直 ...

上面的方式产生fch。至于基于这样的fch和Gaussian输出文件用Multiwfn的空穴-电子分析是否兼容，没测试过，自行测试

sobereva 发表于 2020-10-21 12:12
往往可以接受，但不算严格，毕竟这假定了周围原子的位置都是固定的。

如果用ONIOM，把周围几层分子都 ...

请问老师，那这样用oniom分层做激发之后，在multiwfn中就没法进行NTO和e-h等相关激发态分析了吗？可以直接在输入文件中加入pop(saveNTO,NTO)关键词之后，在高斯中进行NTO分析吗？
谢谢老师！

dsss 发表于 2020-10-19 10:01
请问社长，要得到激发态的构型是不是可以在优化团簇的氢之后，把周围的分子当作背景电荷，然后优化中心分 ...

往往可以接受，但不算严格，毕竟这假定了周围原子的位置都是固定的。

如果用ONIOM，把周围几层分子都用分子力场表示，并且把最外层MM分子坐标冻住，这样会好很多

sobereva 发表于 2020-10-18 06:47
前者

请问社长，要得到激发态的构型是不是可以在优化团簇的氢之后，把周围的分子当作背景电荷，然后优化中心分子的激发态构型

sobereva 发表于 2020-10-18 06:47
前者

好的，十分感谢您

王采岑 发表于 2020-10-17 15:48
再请问老师，分子优化的时候，是单个分子冻结重原子优化还是放在团簇里冻结外层分子优化？

前者

sobereva 发表于 2020-10-17 14:25
拟合静电势电荷要对单个分子计算，而不是对团簇计算

再请问老师，分子优化的时候，是单个分子冻结重原子优化还是放在团簇里冻结外层分子优化？

王采岑 发表于 2020-10-16 15:40
Sob老师，我详细重复一下这个工作您看是否正确
用VMD抠出团簇，整个团簇冻结重原子，优化氢原子，将这个 ...

拟合静电势电荷要对单个分子计算，而不是对团簇计算

sobereva 发表于 2020-10-16 02:10
如果就是想计算晶体环境下的某个分子的激发能、光谱，根本没必要用ONIOM，纯粹自找麻烦
直接抠出个团簇， ...

还有一个问题就是如果要计算的团簇很大，是不是可以将中心分子和中心分子周围小范围的分子冻结重原子，最外围全部冻结来优化，然后取出中心分子来算拟合静电势电荷，之后将除了中心分子外全部用背景电荷来描述，正常算TDDFT呢？

sobereva 发表于 2020-10-16 02:10
如果就是想计算晶体环境下的某个分子的激发能、光谱，根本没必要用ONIOM，纯粹自找麻烦
直接抠出个团簇， ...

Sob老师，我详细重复一下这个工作您看是否正确
用VMD抠出团簇，整个团簇冻结重原子，优化氢原子，将这个过程产生的chk转fchk算拟合静电势电荷，然后将周围分子用背景电荷描述，用TDDFT算激发态，之后可以做NTO等分析。

sobereva 发表于 2020-10-16 02:10
如果就是想计算晶体环境下的某个分子的激发能、光谱，根本没必要用ONIOM，纯粹自找麻烦
直接抠出个团簇， ...

明白了，谢谢sob老师