sobereva 发表于 2020-10-16 21:56
本身PR压浴就容易出毛病。你当前也不是为了发表文章用，压浴就用Berendsen就可以了，没有任何问题。
这和 ...

嗯嗯，谢谢您。我理解啦。
（主要是那个错误提示跟我说键旋转超过30°，我就联想到构象搜索去了，还以为是分子结构有问题）

本身PR压浴就容易出毛病。你当前也不是为了发表文章用，压浴就用Berendsen就可以了，没有任何问题。
这和构象搜索没任何联系。GAFF是专门描述有机小分子的，不应当选AMBER
完全没必要预平衡100ns那么长。这种小分子液体弛豫是很快的，有个1、2ns就绝对足够了
你也可以先尝试用1fs步长看看。并且注意续跑的时候应当通过cpt文件精确延续之前的模拟最后的状态。