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求教,体系相互作用能量计算

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发布时间: 2020-10-18 17:38

正文摘要:

请教一下各位老师,在gmx里面,使用rerun算体系里面两种分子的库伦能量和范德华能量,这个结果代表了什么呢。我用gmx算的库伦能量和范德华能量差不多,但用量化模拟算两个分子间的相互作用能量,又用multiwfn能量分 ...

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xjp1127721434 发表于 Post on 2020-10-19 19:25:41
sobereva 发表于 2020-10-18 23:24
我不知道你rerun的时候用的是什么模型,最好上个图。我也不晓得你rerun的时候怎么设定的、读的什么数据
沥 ...

谢谢sob老师,我后来又仔细学习了一下,是因为我把14作用也算进去了。
sobereva 发表于 Post on 2020-10-18 23:24:57
我不知道你rerun的时候用的是什么模型,最好上个图。我也不晓得你rerun的时候怎么设定的、读的什么数据
沥青里按说原子大多数的原子电荷应当为0或者非常接近于0,静电作用的大小应当比较小才对。
和Multiwfn的基于力场的能量分解对比的时候要注意原子电荷应当用与GROMACS拓扑文件里相同的,否则和rerun产生的静电项没有可比性。

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