gromacs并行计算问题（线程数）

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发布时间: 2020-10-19 08:25

本帖最后由 t675210552 于 2020-10-19 10:20 编辑在服务器上递交作业时，想调用16核进行计算，命令为mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -deffnm nvt。但是报错提示调用过多线程数，请问这个线程数应该如何设置？

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lao7 发表于 Post on 2020-10-26 12:20:26

不建议多此一举。

t675210552 发表于 Post on 2020-10-26 08:20:30

sobereva 发表于 2020-10-19 23:25
先说清楚用于计算的服务器多少核
如果没有特殊情况，不要用MPI版gromacs，效率比默认的thread-MPI并行的gm ...

好的！谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2020-10-19 23:25:23

先说清楚用于计算的服务器多少核
如果没有特殊情况，不要用MPI版gromacs，效率比默认的thread-MPI并行的gmx更低，还得额外装MPI库，等于自找麻烦

jimulation 发表于 Post on 2020-10-19 15:09:05

每台机器是8核的？

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