| 你这个绝对有问题，你这个复合物显然不能用，要么是你这个蛋白断了，要么你这个配体不合理 |
DoubeeTwT 发表于 2020-10-19 13:00 请问波动在2A以内就认为轨迹达到平衡，这个观点或理论有文献的支撑吗？能否分享一下引文来源，感谢您的帮助！ |
Jan 发表于 2021-11-10 16:15 后来跑了1微秒，趋于平衡了 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 5 | 多谢指点！我试试 |
DoubeeTwT 发表于 2020-10-20 14:29 您好，我最近刚好遇到了和楼主一样的情况，也是RMSD很大，看轨迹是您提到的alpha螺旋的解旋的问题，请问有什么好的处理办法吗？我试过给这alpha螺旋封端，但情况还是一样没变。 |
NicoleDH 发表于 2020-10-19 20:19 请问楼主遇到的这个问题是如何解决的？我最近也在做蛋白-小分子体系的，NVT和NPT都跑了1ns，然后跑了200ns的MD，也出现了和您类似的情况，也是RMSD波动很大。看轨迹是两条链C端alpha螺旋解旋了，有什么好办法吗？ |
NicoleDH 发表于 2020-10-19 14:49 1 没有一个统一的标准说一定要多久，大概在几十到上百ns左右，具体看你体系 是loop区的变动还是alpha螺旋的解旋，这不一样的变化时间肯定是不一样的 2 那你这头尾的结构变动确实大。。。。 |
lijiayisjtu 发表于 2020-10-19 18:39 嗯嗯，谢谢帮助，我再试一试。 |
fhh2626 发表于 2020-10-19 17:10 好的，谢谢老师！ |
| 延长模拟时间 再看看 |
NicoleDH 发表于 2020-10-19 14:43 你最好了解NVT，NPT和production MD是什么意思，它们不是并行的概念 用最后一帧的结构续跑就行 |
本帖最后由 NicoleDH 于 2020-10-19 14:50 编辑 DoubeeTwT 发表于 2020-10-19 13:00 谢谢回复。请问 只要你的在一段时间的变动（RMSD升高后）体系的RMSD维持在某一数值附近变动 的“一段时间”一般是多久呢？我用gmx rms计算得到的.xvg文件的表头是下面这样的，rmsd的单位应该的确是nm @ title "RMSD" @ xaxis label "Time (ps)" @ yaxis label "RMSD (nm)" @TYPE xy @ subtitle "Protein after lsq fit to Protein" |
本帖最后由 NicoleDH 于 2020-10-19 15:01 编辑 fhh2626 发表于 2020-10-19 11:52 谢谢帮助，nvt和npt平衡是跑了100 ps，这个200 ns是成品MD时在mdp文件里设置的时间。 还有个问题，请问老师，加时间的话，是从成品MD那一步从新做，还是取最后一帧作为最开始的复合物结构进行模拟？ |
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RMSD如果你比较的是开始与结束的大小，那你表示的是经过模拟构象发生了较大改变，正如你所说可能是开合的变化 但是！ 这并不表示你的模拟没有平衡 只要你的在一段时间的变动（RMSD升高后）体系的RMSD维持在某一数值附近变动（一般认为波动范围在2A以内可以认为体系已经平衡） PS:你这单位是不是错了，好像应该是埃米不是纳米吧 |
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很正常，加时间就行了 唯一不正常的是你的描述：“nvt和npt平衡都只跑了100 ps”，那你这200ns跑的是什么系综？ |
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