计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助:安装ORCA4.2.1和openmpi3.1.4后并行运行出错

查看数: 10070 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2020-10-19 15:44

正文摘要:

本帖最后由 zhaoyanfei 于 2020-10-19 15:43 编辑 我是在win10中安装的linux子系统(Ubuntu18.04LTS) 然后安装openmpi-3.1.4和orca_4_2_1 (在计算化学公社论坛中ORCA百度网盘链接中下载的压缩包openmpi-3.1.4.t ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-10-19 23:30:49
windows就直接用windows版ORCA多好,何必用子系统,本身这还会损失一定性能
abin 发表于 Post on 2020-10-19 20:43:50
抛弃微软那个残废系统,你根本遇不到这些问题。

用微软那个残废系统和附带的子系统,
就是给自己挖坑。
zhaoyanfei 发表于 Post on 2020-10-19 20:32:08
wzkchem5 发表于 2020-10-19 19:50
检查你有没有执行/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get ...

是的了,因为直接在Windows文件夹里解压的,要给权限。另外之前的环境配置也有点小问题,已解决,多谢回复~
zhaoyanfei 发表于 Post on 2020-10-19 20:24:02
zjxitcc 发表于 2020-10-19 17:21
那你这连openmpi都没编译成功,更别提后面的步骤了。

你的openmpi压缩包不要在windows下解压,在子系 ...

感谢帮助,已经编译好了~
wzkchem5 发表于 Post on 2020-10-19 19:50:31
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-10-19 19:51 编辑
zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

检查你有没有执行/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get_version.sh的权限。哪怕你不认识permission是什么意思,不认识denied是什么意思,好歹你查一查啊,别看到输出信息是英文的就不尝试去理解,一股脑丢到论坛上问别人,期望别人给你现成的答案
abin 发表于 Post on 2020-10-19 17:53:25
zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

看最后一句啊!
zjxitcc 发表于 Post on 2020-10-19 17:21:59
zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

那你这连openmpi都没编译成功,更别提后面的步骤了。

你的openmpi压缩包不要在windows下解压,在子系统里 用命令行 解压。
zhaoyanfei 发表于 Post on 2020-10-19 17:12:23
zjxitcc 发表于 2020-10-19 16:10
你当前系统自带MPI 2.1.1,所以which出来会是那样子的,不是想要的3.1.4版本。

你把改完了的~/.bashrc ...

这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

### orca 4.2.1 ###
export PATH=/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314:$LD_LIBRARY_PATH
alias orca='/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca'

然后用给您说的ls命令确实没有查到可执行文件,所以是没有装上吧。我又新建了一个文件夹重新编译
“./configure --prefix=/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4 --disable-builtin-atomics”

但是卡到了这个部分:
============================================================================
== Modular Component Architecture (MCA) setup
============================================================================
checking for subdir args...  '--prefix=/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4' '--disable-builtin-atomics'
checking --with-verbs value... simple ok (unspecified value)
checking --with-verbs-libdir value... simple ok (unspecified value)
checking for pkg-config... no
checking for pkg-config... no
checking for X... no

==> Pre-emptively configuring the hwloc framework to satisfy dependencies.
checking whether to enable hwloc PCI device support... yes (default)

+++ Configuring MCA framework hwloc
checking for no configure components in framework hwloc...
checking for m4 configure components in framework hwloc... external, hwloc1117

--- MCA component hwloc:external (m4 configuration macro, priority 90)
checking for MCA component hwloc:external compile mode... static
checking if MCA component hwloc:external can compile... no

--- MCA component hwloc:hwloc1117 (m4 configuration macro, priority 90)
checking for MCA component hwloc:hwloc1117 compile mode... static
checking hwloc building mode... embedded
configure: hwloc builddir: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc
configure: hwloc srcdir: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc
checking for hwloc version... ./configure: line 76789: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get_version.sh: Permission denied
configure: error: Cannot continue

之前也是,每次都卡在这里。。
zjxitcc 发表于 Post on 2020-10-19 16:10:20
zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 16:04
还是不行,结果和上边的一样。。。

你当前系统自带MPI 2.1.1,所以which出来会是那样子的,不是想要的3.1.4版本。

你把改完了的~/.bashrc内容贴上来,光说也不知道你有没改对。另外,执行
ls /home/zyf/openmpi-3.1.4/bin
ls /home/zyf/openmpi-3.1.4/lib
证明你对应目录里确实有可执行文件和动态库文件存在。
zhaoyanfei 发表于 Post on 2020-10-19 16:04:48
zjxitcc 发表于 2020-10-19 15:48
把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH调到行尾,再运行你贴的这些命令看看

还是不行,结果和上边的一样。。。
zjxitcc 发表于 Post on 2020-10-19 15:48:19
把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH调到行尾,再运行你贴的这些命令看看

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 14:21 , Processed in 0.174523 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list