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求助gromacs多核运行CPU利用率问题

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Sasuke

发布时间: 2020-10-19 21:55

正文摘要:

2018版gromacs 我的单机cpu是24个核，想12核运行，输入指令 gmx mdrun -s topol.tpr -ntmpi 12 结果用top 发现CPU利用率4800%如下图所示远超过100%这是怎么回事？不应该是12个100%嘛？一个核 ...

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liuyuje714 发表于 Post on 2020-10-20 09:47:18

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-10-20 09:55 编辑

你说的有问题，既然用mpi并行(mpirun方式)，你就必须编译mpi版本的gmx_mpi，调用都是用的mpirun -np x gmx_mpi mdrun xxx 命令，而你这说的就是个mdrun明显有问题，如果你编译的gmx没涉及到openmpi或者mpich，你就不能用mpirun的方式调用，即便没报错也是操作错误的，轨迹会同时产生多个，这是错误的。
还有显示的4800%是完全没有问题的，这个利用率指的是调用的线程总数。
是否有多个gmx进程完全取决于你是否用的mpi版本gmx_mpi，你这明显就是用的gmx自带的thread_mpi和openmp，所以没有任何问题。

sobereva 发表于 Post on 2020-10-19 23:38:11

abin 发表于 2020-10-19 22:59
在单机上搞MPI版本，真是闲的。

gromacs默认编译的时候直接支持thread-mpi（gmx自己人搞的线程级轻量化MPI）和OpenMP混合并行。LZ用的是这种情况编译的

abin 发表于 Post on 2020-10-19 22:59:36

在单机上搞MPI版本，真是闲的。

snljty 发表于 Post on 2020-10-19 22:23:07

本帖最后由 snljty 于 2020-10-19 23:45 编辑

看看你是不是编译的thread_mpi和openmp混合并行版，然后把环境变量OMP_NUM_THREADS设成4了？尝试运行前export OMP_NUM_THREADS=1然后gmx mdrun加上参数-ntomp 1试试。-ntmpi 1 -ntomp 12等组合也可以尝试。一般推荐再加上-pin on

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