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gromacs进行MD完成之后，去除周期性，rmsd的结果还是上下跳动，如何解决

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计算小菜鸡

发布时间: 2020-10-22 11:43

正文摘要:

gromacs进行MD完成之后，去除周期性，rmsd的结果还是上下跳动，如何解决去除周期性命令gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact 设置盒子gmx editconf -f ...

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王肖索 发表于 Post on 2025-6-3 15:57:18

猛虎下山嗷嗷嗷发表于 2023-9-11 15:15
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

楼主解决这个问题了吗？加入以后rmsd可以了吗？

猛虎下山嗷嗷嗷 发表于 Post on 2023-9-11 15:15:17

sobereva 发表于 2023-9-10 21:41
是

这种问题自己看手册便知

好滴，谢谢sob老师。

sobereva 发表于 Post on 2023-9-10 21:41:00

猛虎下山嗷嗷嗷发表于 2023-9-10 21:15
想请教一下sob老师，这个是在md.mdp中修改嘛？具体要加在哪行嘛？

是

这种问题自己看手册便知

猛虎下山嗷嗷嗷 发表于 Post on 2023-9-10 21:15:28

sobereva 发表于 2020-10-24 10:07
comm-grps = protein
comm-mode = angular

想请教一下sob老师，这个是在md.mdp中修改嘛？具体要加在哪行嘛？

sobereva 发表于 Post on 2020-10-24 10:07:08

计算小菜鸡发表于 2020-10-23 09:28
小白求问sob老师，在mdp中如何设置来消除平动组

comm-grps = protein
comm-mode = angular

计算小菜鸡 发表于 Post on 2020-10-23 09:28:47

sobereva 发表于 2020-10-23 06:11
别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了，也甭用非矩形盒子

小白求问sob老师，在mdp中如何设置来消除平动组

sobereva 发表于 Post on 2020-10-23 06:11:57

别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了，也甭用非矩形盒子

如果在VMD里看轨迹能看到蛋白质是完整、连续的，用VMD计算RMSD曲线

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