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用簇模型计算CaO(100)表面吸附C2H4求助

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三只科研鼠

发布时间: 2020-10-22 21:58

正文摘要:

【一. 建立并优化 CaO(100) 表面】 1. 建立了 Ca16O16点电荷模型 (1) 两层 CaO； (2) 除了吸附表面外，其余面各自向外加了两层点电荷；形式电荷为+2，-2。 2. 计算能量——CaO.gif 可以收敛。 ...

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dhlylydh 发表于 Post on 2024-7-27 23:10:38

sobereva 发表于 2020-10-23 05:53
不要自己手动在标题里写[Gaussian/gview]这种标签，给你去掉了

我用CaO的原始晶胞扩胞并在中间掏出圆柱形的管道用packmol填充CO2，但我无论怎么修改模型在最小化的过程中压力总为nan，最小化过程成功的话后续进行nvt模拟过程几千步后也为nan

小聪仔 发表于 Post on 2023-1-31 19:56:59

sobereva 发表于 2023-1-28 21:33
这种问题用CP2K当周期性体系做计算比用量化程序好用得多，届时画风完全不同

这些零基础性的问题在3月 ...

好的，感谢老师的回答！

小聪仔 发表于 Post on 2023-1-31 19:56:25

wzkchem5 发表于 2023-1-28 17:30
1. 因为用的是高斯，基本只能做孤立体系计算。如果用VASP等软件，就应该建晶胞了
2. 添加真空层是周期性 ...

好的，感谢老师的解答，我再去好好看看帖子。

sobereva 发表于 Post on 2023-1-28 21:33:54

小聪仔发表于 2023-1-28 15:57
楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO， ...

这种问题用CP2K当周期性体系做计算比用量化程序好用得多，届时画风完全不同

这些零基础性的问题在3月份的北京科音的CP2K培训班里全都会讲到

wzkchem5 发表于 Post on 2023-1-28 17:30:53

小聪仔发表于 2023-1-28 08:57
楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO， ...

1. 因为用的是高斯，基本只能做孤立体系计算。如果用VASP等软件，就应该建晶胞了
2. 添加真空层是周期性体系计算才有的概念，团簇模型不需要
3. http://gaussian.com/opt/
4. http://sobereva.com/272、http://sobereva.com/373
5. http://sobereva.com/540

小聪仔 发表于 Post on 2023-1-28 15:57:23

楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO，而不是构建CaO晶胞？看了论文没找到原因
2.看论文需要添加真空层，请问如何添加？
3.如何固定原子？
4.选用WB9XD，GENECP的依据是什么？
5.吸附表面要构建切面吗？如何建立切面？

十分感谢您的回答！

三只科研鼠 发表于 Post on 2020-10-26 09:40:52

本帖最后由三只科研鼠于 2020-10-26 10:05 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-25 19:55
你确定？
你看Ca原子和O原子的z坐标都是+1和-1左右，C2H4的z坐标在+3左右，但电荷的z坐标大于等于+5，明 ...

谢谢老师提醒！我正在排查是不是这个原因，目前正在看限制性优化的帖子： http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html

wzkchem5 发表于 Post on 2020-10-25 19:55:20

三只科研鼠发表于 2020-10-24 23:10
您好，位置摆放正确，电荷没有放反，检查无误了😩

你确定？
你看Ca原子和O原子的z坐标都是+1和-1左右，C2H4的z坐标在+3左右，但电荷的z坐标大于等于+5，明显电荷在乙烯的上面。
可能是结构优化的时候高斯把CaO、C2H4的坐标平移了，但是你没有把点电荷的位置也做平移。

三只科研鼠 发表于 Post on 2020-10-24 23:10:32

wzkchem5 发表于 2020-10-23 19:01
你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

您好，位置摆放正确，电荷没有放反，检查无误了😩

三只科研鼠 发表于 Post on 2020-10-23 23:16:01

wzkchem5 发表于 2020-10-23 19:01
你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

诶？诶？犯了低级错误，

谢谢指正！

wzkchem5 发表于 Post on 2020-10-23 19:01:36

三只科研鼠发表于 2020-10-23 10:36
感谢解答！请问老师，C2H4是不能吸附，还是物理吸附？不能吸附，C2H4也不应该解离吧？

你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

三只科研鼠 发表于 Post on 2020-10-23 10:38:29

sobereva 发表于 2020-10-23 05:53
不要自己手动在标题里写[Gaussian/gview]这种标签，给你去掉了

辛苦sob老师了！sob老师，请问您能帮我分析一下上面遇到的问题吗？谢谢！

三只科研鼠 发表于 Post on 2020-10-23 10:36:37

biogon 发表于 2020-10-23 08:47
这个氧化钙簇看上去是偏小了，首先有个疑问是乙烯怎么吸附到氧化钙表面的

感谢解答！请问老师，C2H4是不能吸附，还是物理吸附？不能吸附，C2H4也不应该解离吧？

biogon 发表于 Post on 2020-10-23 08:47:44

这个氧化钙簇看上去是偏小了，首先有个疑问是乙烯怎么吸附到氧化钙表面的

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