求助：nmode跑了两三周没跑完

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发布时间: 2020-10-27 09:26

请问我在用amber的nmode计算熵变的时候为什么跑了两三周都没跑完呢？这是mmpbsa.in文件内容，选取的帧数是不是5帧呀？还是5000帧？

回复 Reply

hyr95 发表于 Post on 2020-10-28 14:17:33

冷血发表于 2020-10-28 10:11
或许把，我也不是很清楚。

好的，谢谢

冷血 发表于 Post on 2020-10-28 10:11:43

hyr95 发表于 2020-10-27 20:09
大，但是我也没并行，可能是这个原因？

或许把，我也不是很清楚。

hyr95 发表于 Post on 2020-10-27 20:09:20

冷血发表于 2020-10-27 16:40
熵的计算的确很慢。但不知道为啥你这5帧这么慢，难道体系很大吗？

大，但是我也没并行，可能是这个原因？

冷血 发表于 Post on 2020-10-27 16:40:18

熵的计算的确很慢。但不知道为啥你这5帧这么慢，难道体系很大吗？

hyr95 发表于 Post on 2020-10-27 15:37:25

abdoman 发表于 2020-10-27 10:13
没觉得有问题，
但keep_files =2 ,
保留所有临时文件，不知道硬盘空间有没有问题？

那如何设置是否保留临时文件？用什么命令？

abdoman 发表于 Post on 2020-10-27 10:13:27

没觉得有问题，
但keep_files =2 ,
保留所有临时文件，不知道硬盘空间有没有问题？

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