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求助:MS转data文件警告以及lammps运行报错

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发布时间: 2020-10-27 16:35

正文摘要:

各位老师好,我想请教一下关于将MS导出模型用msi2lmp小程序转data文件时出现的警告以及运行报错的问题 1.将ms中的模型在cvff力场导出为car文件和mdf文件,用msi2lmp程序转data文件时出现这样的警告   WA ...

回复 Reply

MengXH7 发表于 Post on 2023-10-21 09:32:51
ohlalaoh 发表于 2022-4-27 19:51
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

您好,请问这个问题您解决了吗?
456321789 发表于 Post on 2023-7-7 17:54:39
slxc920113 发表于 2023-7-7 16:33
可能是原子数超了,或者就是cif书写不规范,导致无法识别(用VESTA打开cif保存为vasp格式即可)

好的好的 我试一下 感谢
slxc920113 发表于 Post on 2023-7-7 16:33:15
456321789 发表于 2023-7-7 15:47
就是这样的,autoff不显示模型。我打算做个三维的。

可能是原子数超了,或者就是cif书写不规范,导致无法识别(用VESTA打开cif保存为vasp格式即可)
456321789 发表于 Post on 2023-7-7 16:32:10
slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以,在晶体模块上传cif

提示说 没有选中的cif文件
456321789 发表于 Post on 2023-7-7 15:47:34
就是这样的,autoff不显示模型。我打算做个三维的。

202307071544178717..png (127.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

202307071544178717..png

202307071547303061..png (117.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

202307071547303061..png
456321789 发表于 Post on 2023-7-7 15:44:12
slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以,在晶体模块上传cif

谢谢大神,我明白了。
还有一个问题,我是用聚合物建模模块建立的聚酰亚胺单链,可以保存为cif格式,然后再用晶体模块建立多条聚合物的三维盒子吗?
我上传之后打不开文件,不知道接下来要怎么弄了。
slxc920113 发表于 Post on 2023-7-7 11:08:46
456321789 发表于 2023-7-6 20:20
这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊?

可以,在晶体模块上传cif
456321789 发表于 Post on 2023-7-6 20:20:51

这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊?
slxc920113 发表于 Post on 2023-7-6 09:08:30
456321789 发表于 2023-7-5 15:47
请问你这个是怎么解决的,我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
...

用AuToFF代替msi2lmp
456321789 发表于 Post on 2023-7-5 15:47:07
请问你这个是怎么解决的,我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 68 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 107 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 146 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 186 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 225 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 265 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 304 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 343 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 383 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 422 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 462 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 501 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 540 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 580 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 619 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 659 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 698 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 737 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 777 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 816 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 856 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 895 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 934 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 974 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 1013 type o
duludulueiei 发表于 Post on 2023-1-5 22:42:54
Lacrimosa 发表于 2020-10-27 18:30
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数,可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如报 ...

如果不存在的话怎么办啊
supreme 发表于 Post on 2022-11-4 23:51:59
爱模拟的bao 发表于 2021-3-15 10:01
我也遇到了这个问题,想问下你这解决了吗?

你解决了吗
Maska 发表于 Post on 2022-8-17 18:10:13
本帖最后由 Maska 于 2022-8-17 18:20 编辑

Hello dear
I got the same warning too. Have you finally solved this problem? If yes, could you please guide me? I have gotten the same warning when trying to get the C-S-H data file by applying the clayff potential in Materials Studio.
Best regards;
Maska

csh.jpg (210.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

here is the attached image

here is the attached image
ohlalaoh 发表于 Post on 2022-4-27 19:51:23
大哥  我也遇到第一个问题  你咋解决的 有影响吗

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