azero 发表于 2020-10-27 21:51
查了一下，但并不是完全理解。
说偶极矩方向是从正电中心指向负电中心，那就是说蛋白质的某端整体为正电 ...

不同程序、不同作者对偶极矩的方向定义往往不同。诸如Gaussian里是从负电中心指向正电中心

把蛋白质的原子坐标和原子电荷写成chg文件，载入Multiwfn，刚载入的时候屏幕上直接提示偶极矩矢量



chg文件格式很简单，一行一个原子，之后是以埃为单位的XYZ坐标，最后一列是原子电荷，例如
  O    -2.353946    1.907988    0.055067   -0.365984
  O    -3.465531   -0.477301    0.381788   -0.363785
  N     4.346653    0.153190    0.308757   -0.706697
  C     2.112990   -0.100736   -0.685637   -0.170740
  C     0.631348   -0.228412   -0.435687   -0.025870

zjxitcc 发表于 2020-10-27 21:20
就是电偶极矩的方向，偶极矩是个矢量，有大小和方向。它这里看上去是显示方向，不管大小。

查了一下，但并不是完全理解。
说偶极矩方向是从正电中心指向负电中心，那就是说蛋白质的某端整体为正电，而另一端整体为负电么？
此外，请教一下怎么判断方向，比如说用什么软件，gromacs还是别的？

就是电偶极矩的方向，偶极矩是个矢量，有大小和方向。它这里看上去是显示方向，不管大小。