求助：请教为什么Gromacs density 命令得到的图是对称的

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发布时间: 2020-10-28 15:39

本帖最后由呆宝可乐于 2020-10-28 16:27 编辑老师好，在用gromacs density求某一原子周围其它组分的密度分布时，发现得到的数据是轴对称的，如图想问怎么理解负轴对应的密度？密度为什么是对称的？还有 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-10-29 12:45:24

呆宝可乐发表于 2020-10-29 08:40
那对称化的物理意义是什么呢？

好看

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呆宝可乐 发表于 Post on 2020-10-29 08:40:11

sobereva 发表于 2020-10-28 16:58
gmx density的时候如果用了-symm就会将左右两侧的数据对称化

那叫色散(dispersion)修正。取决于你mdp里 ...

那对称化的物理意义是什么呢？

sobereva 发表于 Post on 2020-10-28 16:58:49

gmx density的时候如果用了-symm就会将左右两侧的数据对称化

那叫色散(dispersion)修正。取决于你mdp里实际怎么设的dispcorr

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