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k64_cc 发表于 2020-11-7 18:08 好的，谢谢老师，我去看下  |
十万嬉皮 发表于 2020-11-6 17:53 我记得官网给了教程，你找找…… |
k64_cc 发表于 2020-11-6 00:24 谢谢老师指点，那么这个只需要在mdp文件中更改设置吗...还是需要其他的操作，谢谢老师回答 |
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-6 00:28 编辑 十万嬉皮 发表于 2020-11-5 23:08 倒不至于谈需要不需要。现在的情况是你用得起，那就用呗，肯定比不用强啊。 用与不用和分子量关系不是特别大，和你要跨越的能垒高度关系比较大。我之前跑10个碱基的DNA序列，用PT和不用都能看出显著差别来。建议还是用了吧，没啥坏处。 |
k64_cc 发表于 2020-11-5 17:25 抱歉老师回应晚了...这个蛋白分子量比较小，只有120aa左右的氨基酸，用的mdp文件是根据sob老师教学材料里提供的，因为3ATL又240aa左右，所以我就直接拿去用了，这个还需要换成并行退火吗 |
十万嬉皮 发表于 2020-11-4 22:30 大分子采样还是用Parallel Tempering吧，除非跑超长（us level）的MD，不然brute force MD总是有被怀疑采样不充分的风险。 |
sobereva 发表于 2020-11-2 13:04 抱歉老师回复晚了！ 谢谢sob老师的逐一解答，尤其是第一条，今天跑完了新的动力学分析，蛋白配体复合物的rmsd非常的稳定，蛋白和配体也分别很稳定。 但是自由结合能里面最后一个氨基酸（第118个）的贡献值时60kj/mol，我看很多文献里面关于我这个蛋白的基本上都是中间的两三个氨基酸（例如第30-70内的某几个）贡献的结合能较高（一般都是1~2kcal/mol左右），但是我这个跑完后非常担心是不是在Autodock里面选取的构象不好，因为在Autodock里面在最后的Analyze-conformation-play-(倒数第二个符号）选取Build h-bond，发现这个配体一直和末端的氨基酸产生氢键，于是自己看了关于Autodock更多一些的教学，看到Autodock vina的作者在官网发布的教学，发现gridbox只选取之前文献报道的坐标位置和大小，于是自己就把gridbox调小了，发现可以和中间的一些氨基酸产生氢键了，但是我觉得应该尊重一下事实（可能还是我操作有问题），我决定把末端突变一下去做实际的竞争实验看看到底有没有影响，再跑一下和中间几个氨基酸产生氢键的动力学分析，算一下自由结合能。 还有谢谢sob老师纠错  ，一定改正。 |
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1 都可以跑动力学，看看结合的动力学的稳定性，算算结合自由能 2 注意正确拼写GaussView 消除体系平动和消除蛋白+配体复合物的平动是两码事。复合物移动了说明消除整体运动的组没定义对，跟H毫无关系 3 阳离子显然要-n 1，中性显然什么也不用写。每个选项都要搞清楚意义何在。诸如我的gromacs培训班上对乙醇用acpype产生拓扑文件就没加这个 4 这种事必须结合轨迹来看到底发生了什么 5 肉眼看上去，RMSD曲线最后阶段没有整体变化趋势就行了。 |
sobereva 发表于 2020-11-1 23:31 对不起sob老师，我下次发帖子一定记住  |
十万嬉皮 发表于 2020-11-1 20:47 怎么正确贴图在置顶的新社员必读贴里已经说得很明确了，这里也强调了http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html |
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