你设置的质心距离约束只对X生效，所以可以约束住相互吸引的分子，而无法约束住相互排斥的分子（YZ方向不受约束可以远离）。
如果只研究PMF随质心距离的变化，应该把pull_coord1_dim改成 Y Y Y，如果要研究PMF在特定方向的变化，可以写一个posre文件，约束分子在YZ方向上的运动。

个人观点，既然是排斥那证明在你设置的pull牵引方向上本身就有大于0的力，建议将两个分子初始位置远离做靠近牵引。这样牵引力可以抵消分子间斥力。