请问使用mktop构建top文件遇到Please check the gromacs_dir variable如何解决

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发布时间: 2020-11-2 11:49

在$gromacs_dir=" /home/soft/gromacs/gromacs-2018.4/share/top"部分写的路径已经是Gromacs的安装路径，刚刚学习分子动力学，出现这个报错不知道如何解决，请各位老师指教

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哪有这么脆弱 发表于 Post on 2020-11-2 14:18:31

sobereva 发表于 2020-11-2 12:40
仔细检查截图里提示的那个文件路径到底对不对、有没有那个文件。我这里没问题

另外，如果没有特殊情况， ...

好的谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2020-11-2 12:40:57

仔细检查截图里提示的那个文件路径到底对不对、有没有那个文件。我这里没问题

另外，如果没有特殊情况，不建议用mktop，此工具有时候指认的原子类型是错的。对于创建OPLS-AA的拓扑文件，能用ligpargen的时候建议用这个。

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