感谢楼主详细地经验分享。用charmm-gui尝试NAMD FEP/λREMD遇到几个问题，
和楼主一样也是遇到一样的报错，用的NAMD版本是NAMD 2.14b1，在charmm-GUI网站上看NAMD必须要是源码自己编译的，不能是二进制解压缩文件包？请教各位老师几个问题：
1、charmmgui必须使用源码自编译的NAMD吗？自己编译总是报错。有用非源码自编译的NAMD跑成功的吗？
2、NAMD 2.14b1版本支持REMD吗？NAMD_3.0alpha9_Linux-x86_64-multicore-CUDA版本支持REMD吗？

fhh2626 发表于 2020-11-3 13:43
mpirun -n 8 xxx/namd2 +replicas 4 xxxxxxx.namd +stdout xxxxxxxx.%d.log

不好意思，我试了试还是运行不起来。错误是namd2 executable can’t find. 麻烦再问下，mpirun -n 8 xxx/namd2 中的xxx是指的mpi 版本的namd的安装路径吗，还是要事先定义个hostfile? 我不是自己安装的，不太清楚安装位置，每次都是使用module load namd/2.13-mpi 调用，我试图用module avail namd/2.13-mpi寻找安装位置，但是给出的文件夹貌似是只含有namd/2.13-multicore 和namd/2.13-mpi两个文件，而且只能load其中一个每次。

tjuptz 发表于 2020-11-3 10:44
我是根据连接关系用topotools命令产生的，type是根据小分子的str指定的，因为小分子我我用psfgen产生失败 ...

我感觉不行

yibaigui 发表于 2020-11-3 12:29
谢谢回复。请问mpi 版本的运行命令是什么? 好像namd2 不对呢，我用mpirun namd2 也不对。

mpirun -n 8 xxx/namd2 +replicas 4 xxxxxxx.namd +stdout xxxxxxxx.%d.log

fhh2626 发表于 2020-11-2 17:22
NAMD跑multiple replica的作业要用MPI或者netlrts的版本，multicores版本好像不行

谢谢回复。请问mpi 版本的运行命令是什么? 好像namd2 不对呢，我用mpirun namd2 也不对。

fhh2626 发表于 2020-11-3 10:25
如果VMD之前读取过PSF信息的话就可以

我是根据连接关系用topotools命令产生的，type是根据小分子的str指定的，因为小分子我我用psfgen产生失败了

tjuptz 发表于 2020-11-2 17:25
借楼问下老师vmd writepsf产生的psf可以直接用于namd模拟吗

如果VMD之前读取过PSF信息的话就可以

fhh2626 发表于 2020-11-2 17:22
NAMD跑multiple replica的作业要用MPI或者netlrts的版本，multicores版本好像不行

借楼问下老师vmd writepsf产生的psf可以直接用于namd模拟吗

NAMD跑multiple replica的作业要用MPI或者netlrts的版本，multicores版本好像不行