k64_cc 发表于 2022-1-12 13:17 感谢老师回复，我还有个问题想请教一下。就是我现在以一个离子为探针，把它从吸附稳定位置拉到体相位置，那等这个探针离子到体相位置的时候，其他离子难道不会重新吸附到之前探针离子所在的位点上吗，那这时候这个系统的总势能为什么还会和我拉那个探针之前的时候不一样？ |
Tifo 发表于 2022-1-10 21:10 Variance大是一码事，和自由能曲线对不上是另一码事。 3 ns模拟，variance大是很正常的。一般来说，平均势能的收敛需要更长的时间。我之前做水的PMF，已经很好弛豫了，还是需要几十ns的轨迹才能确保它收敛。如果收敛之后势能曲线还是和自由能对不上，那就说明是熵驱动的，不是焓驱动。这俩玩意也不一定非要对上。 |
k64_cc 发表于 2020-11-5 11:58 老师您好，我也用和您说的一样的方法计算系统的总势能，就是在多个吸附离子中选择一个使用restraint将其控制在CV路径上的某一点3ns，再将获得的系统势能平均，但这样最后获得的势能随距离的变化曲线波动很大，与该离子的自由能变化对不上，请问是还有其他措施我没做吗？ |
a9471163 发表于 2020-11-6 15:36 随便整一篇我老板从前的工作： https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.5b07232 |
k64_cc 发表于 2020-11-5 11:58 我想用您说的这个方法计算熵变，请问有没有用过这种方法的参考文献可以引用 |
k64_cc 发表于 2020-11-5 11:58 我明白了，您讲得很清楚，非常感谢老师 |
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-5 17:09 编辑 a9471163 发表于 2020-11-4 18:44 不行，能量收敛比PMF慢，别想rerun了。而且G=H-TS的H是总势能，不是分解的，不用定义组，看总的Potential Energy就行。另外，水和溶质的相互作用能也会变化，中和一部分AB间作用能的变化，所以只分析这AB间相互作用也不是很充分。 饭得一口一口吃，你得先确定H主导了自由能变化，再分析什么因素主导了H变化。对于<H>的计算，你就在CV曲线上选两个点，用非常强的restraint把CV控制在那个点附近，然后跑三组长时间的模拟，算每组的平均势能，并用三组数据算variance。 Umbrella Sampling的原理是打格子数sample。你可以用一个模拟给多个格子提供数据。但是算PMF上某点平均势能的时候，你需要要尽量让sample处于你选定的那个格子里，所以要用一个很强的restraint来避免CV的波动。也是由于同个原因，US时的数据不能拿来直接用。 |
本帖最后由 a9471163 于 2020-11-4 18:45 编辑 k64_cc 发表于 2020-11-4 12:23 谢谢您的提醒~ 请问PMF曲线上两个state之间<U>的差值如何求出来，我目前想的办法是把state1和state2的分子构型单独拿出来，用gromacs定义能量组rerun再求一遍静电能+非静电能，然后两个state的能量作差，不知道这种算法是不是合适啊 |
sobereva 发表于 2020-11-4 14:34 明白了，谢谢老师 |
a9471163 发表于 2020-11-4 09:20 看是对谁来说，对溶质的话，从结果上是如此 溶质之间的静电作用体现在结合的焓变的层面上，不是熵的层面上 |
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-4 12:51 编辑 a9471163 发表于 2020-11-3 09:20 两个Energy Group之间的相互作用能不是dU，PMF曲线上两个state之间<U>的差值才是能和dG对比分析的dU。能量分解得到的相互作用能可能对自由能变化起主导作用，但是不能拿来和自由能曲线一起做定量分析。 |
sobereva 发表于 2020-11-4 04:17 假如物质疏水作用很强，物质表面的水会减少，所以能不能说，疏水作用强更有利于熵减小？ |
sobereva 发表于 2020-11-4 04:17 谢谢sob老师，请问静电作用一般如何对熵作出贡献？ 我的理解是，假如两个物质之间因为有疏水作用、静电作用而吸附在一起了，物质A和B表面的水化膜会解缚成水分子回到溶液中，这部分熵是增加的，而两个分子的吸附是熵减小的，所以也很难说疏水作用、静电作用对熵的总体贡献是增大熵还是减小熵，不知是否正确？ |
wzkchem5 发表于 2020-11-3 10:59 非常感谢老师，我明白了 |
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