陈AG 发表于 2025-6-18 15:36 最终应当用TDDFT优化激发态的激基复合物。为此，你可以取molclus搜索出的基态能量最低的10个复合物，然后进一步优化它们的激发态，取激发态极小点的激发态能量最低的那个。而你当前说的做法原理上太粗糙。 |
sobereva 发表于 2020-11-8 19:20 老师，我可不可以用molclus调用xtb选出一批能量低的激基复合物构型（比如10个），然后再高斯优化这10个，然后再选能量最低的作为基态去做TDDFT呢，我的激基复合物体系实际是在薄膜中的，基态和激发态构型应该不会变化太大 |
anlancx 发表于 2020-11-6 09:01 如果你的目的是想得到激基复合物的最稳定结构，就先按基态团簇构型搜索的方式弄出一批团簇，然后再都优化激发态 |
sobereva 发表于 2020-11-5 21:55 谢谢老师，我的问题是要知道这两个分子的空间相对位置，这应该算是复合物的构象搜索吧。 |
anlancx 发表于 2020-11-4 17:34 你的问题是单分子的构象搜索，而不是复合物的构型搜索 这应当用这些文章里的做法，任选其一，当前问题用gentor+molclus就够了 gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 对于用gentor的情况，就把几个关键性的键旋考虑旋转就完了 |
sobereva 发表于 2020-11-4 22:10 不好意思老师，我已经修改好了 |
anlancx 发表于 2020-11-4 17:34 贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html |
anlancx 发表于 2020-11-4 10:06 genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html |
anlancx 发表于 2020-11-4 11:43 可以，原理是相通的 |
wzkchem5 发表于 2020-11-4 11:18 谢谢老师的回复，团簇我没接触过，一般都是成百上千的原子、分子组成的聚集体，那两个分子的聚集也可以用这个团簇构型搜索来做吗？ |
anlancx 发表于 2020-11-4 10:06 用同一篇文章里提到的团簇构型搜索。我之前说构象搜索的时候没有区分团簇构型搜索和构象搜索，我本来是想同时指两者的 |
wzkchem5 发表于 2020-11-4 08:29 Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到，构象搜索是对于柔性分子而言的，柔性分子有许多可旋转的键，因此势能面上有很多极小点，构象搜索目的是找到最稳定的一批构象，得知哪个构象能量最低、构象的能量彼此间相差多少。即是对单个分子的构象搜索，对于单体较为刚性的分子，直接opt应该就能找到需要的构型，那两个单体间的空间位置如何调整呢？谢谢~ |
anlancx 发表于 2020-11-4 08:17 通过氢键等方向性较强的相互作用缔合的激基复合物，有可能可以直接靠经验搭建（前提是单体也足够刚性）。如果是靠静电、色散作用缔合的激基复合物，严格来说要做构象搜索 |
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