mol 发表于 2022-9-14 20:59
lz您好，今天和作者联系了下，说已经更新到支持gmx2018版本了，目前在github上维护https://gitlab.gwdg.de/ ...

随意翻看老帖子的时候看到了您的回复，谢谢您的补充说明！

lz您好，今天和作者联系了下，说已经更新到支持gmx2018版本了，目前在github上维护https://gitlab.gwdg.de/lheinz/g_permute

liuyuje714 发表于 2020-11-5 18:30
我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

您好，请问修改为支持更高版本gmx的话需要修改哪些地方？请大神指点一下

liuyuje714 发表于 2020-11-5 18:30
我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

我的天好详细！谢谢！已经可以用了！

FMGwenyanhoon 发表于 2020-11-5 12:26
不好意思图贴错了，现在修改好了

我附上我的编译步骤：
系统：Ubuntu 16.04
GCC 版本： 5.4.0

源码： gromacs 3.3.1和g_permute

编译步骤：
1. 编译gromacs，这里不需要用g_permute中的那个插件，我觉得多余。一定要打开shared选项

1. tar -xvf gromacs-3.3.1.tar.gz
   
2. cd gromacs-3.3.1
   
3. ./configure --prefix=/home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1 --enable-shared=yes
   
4. make -j4
   
5. make install

复制代码

2. 编译g_permute
首先是liblap库的编译，更改Makefile文件中的gromacs路径，这里我设置的和上面对应：

1. GMXDIR        = /home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1

复制代码

并且更改那个编译平台，因为现在基本上都是64位系统了，注释掉原本的那个32的，去掉64位的那个注释，更改以后如下：

1. #for compilation on 64bit systems uncomment the following line
   
2. CFLAGS        = -O0 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -fPIC -DPIC -funroll-all-loops -ggdb
   
3. #for compilation on 32bit systems uncomment the following line
   
4. #CFLAGS        = -O0 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -malign-double -funroll-all-loops -ggdb

复制代码

然后make，make install即可

最后编译一下g_permute
同理修改Makefile中的gromacs路径和平台，我就不重复写了

3. 设置环境变量，比如把gromacs安装路径下的lib和g_permute-1.1路径下的那个lib目录给到LD_LIBRARY_PATH即可：

1. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/liuyujie714/Desktop/code/g_permute-1.1/lib:/home/liuyujie714/Desktop/code/gmx3.3.1/lib

复制代码

并设置可执行文件的bin路径到PATH中。
最后即可使用，截图如下：


4. 题外话，这个软件版本用gromacs 3.3.1的库实在是太老了，自己有能力的话可以更改为4.6.7版本，我亲测可用，Win平台也可以。

liuyuje714 发表于 2020-11-5 11:30
你这发的图我都没看到哪里有报错

不好意思图贴错了，现在修改好了

你这发的图我都没看到哪里有报错

sobereva 发表于 2020-11-5 03:53
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子，去掉直接ctrl+v到里面的图，并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎 ...

嗯嗯好的。下次肯定不犯错了，不好意思。然后我这边修改完了

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子，去掉直接ctrl+v到里面的图，并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html