sobereva 发表于 2020-12-28 07:09 不好意思sober老师。 |
华理小妮 发表于 2020-12-27 10:01 没有问题 那叫gentor |
本帖最后由 华理小妮 于 2020-12-27 10:02 编辑 sobereva 发表于 2020-11-4 03:59 sober老师，我想问您一下运用gromacs软件模拟均相体系有机小分子预组装过程的准确度高不高呢，我们主要考虑的是两种体系，非极性有机溶剂依靠氢键结合和水溶液体系依靠疏水结合。我们就想知道在溶剂下，有机小分子A B是否结合到一起，或者说A-B B-B A-A结合比例是什么样子的，采用的是GAFF这种适合小分子的力场，RESP0.5电荷，计算电荷的时候也会用gendor考虑不同的构象。 |
华理小妮 发表于 2020-11-4 09:50 不明白这个地方为什么只添加氯离子，不应该是氯化氢吗 |
sobereva 发表于 2020-11-4 14:32 sober老师，我计算了一下cl-的数量比所有的DMF数量还要多，那是不是所有的DMF都质子化呢，另外这个时候需要考虑多余的氢离子吗 |
sobereva 发表于 2020-11-5 21:29 好的，谢谢sober老师 |
华理小妮 发表于 2020-11-4 15:09 把一个H放到预计质子化的位点，然后优化。之后用acpype处理产生拓扑文件，然后实际MD跑一下看看形态维持得如何，效果不好的话再调 |
华理小妮 发表于 2020-11-4 14:37 sober老师不好意思还想问您个问题，质子化的DMF的top文件怎么生成呢，用gaussian画DMF分子的时候如何体现质子化呢 |
sobereva 发表于 2020-11-4 14:32 好的，谢谢sober老师 |
华理小妮 发表于 2020-11-4 09:50 让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了 |
sobereva 发表于 2020-11-4 03:59 sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗？因为HCl在水中会完全的电离。 还是说不需要考虑氢离子，计算过程中溶剂分子的话只需要添加DMF分子，OPC3水分子和按照比例添加氯离子就好了。 谢谢您 |
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1 是 2 不考虑 |
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