雷阵雨 发表于 2025-9-9 20:59
pull部分的.mdp如下，供参考
pull                           = yes
pull-ngroups                   = ...

感谢

枫原万叶 发表于 2025-9-9 17:12
您好，请问可以分享一份您的mdp文件吗

pull部分的.mdp如下，供参考
pull                           = yes
pull-ngroups                   = 2
pull-group1-name               = refK+ #要牵引的分子
pull-group2-name               = refz  #参考组，refz的z>refO2的z
pull-ncoords                   = 1

pull-coord1-type               = umbrella
pull-coord1-geometry           = direction-periodic   ;
pull-coord1-dim                = N N Y
pull_coord1-vec                = 0 0 1
pull_coord1_groups             = 2 1
pull-coord1-k                  = KZ               
pull-coord1-rate               = 0.0                  ; 静态窗
pull-coord1-init               = DIST                 ; 本窗中心 (nm)
pull-coord1-start              = no
pull-group1-pbcatom            = 34473        #refK+组的原子
pull-group2-pbcatom            = 5694          #refz组的原子

雷阵雨 发表于 2025-9-6 14:43
楼主你好，我最近也在做伞形采样相关的计算，关于牵引方向我发现只需要变换pull_coord1_groups两个组的顺 ...

您好，请问可以分享一份您的mdp文件吗

Lacrimosa 发表于 2021-5-17 21:24
我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定 ...

楼主你好，我最近也在做伞形采样相关的计算，关于牵引方向我发现只需要变换pull_coord1_groups两个组的顺序即可实现方向的改变，如pull_coord1_groups = 2 1/1 2，可以试试看

Lacrimosa 发表于 2021-5-17 21:24
我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定 ...

是的，我加上负号，拉伸组就沿反方向拉伸了，但有时会报错，显示拉伸初始参考位置不能为负？有时也能成功。然后发现了之前跑到一半就停下来的原因好像是因为两个组相互拉近后之间的作用力太大了，就停下来了。

atomhong 发表于 2021-5-9 11:16
请问楼主找到答案了吗？我尝试拉伸模拟的时候是通过pull_coord1_rate的值来确定拉伸组沿正方向还是负方向拉 ...

我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定拉伸方向的么？

请问楼主找到答案了吗？我尝试拉伸模拟的时候是通过pull_coord1_rate的值来确定拉伸组沿正方向还是负方向拉的，但是经常会报错，有时系统跑到一半就自己停了。