jiangge 发表于 2020-11-10 08:08
1.那弥散函数是否需要加呢？
2.不使用6-31**优化，也就是直接6-311**优化然后计算单点能就可以了吗？
...

仔细看此文
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

写计算级别的时候少写、错写任何一个字母都会令内行人非常反感

wzkchem5 发表于 2020-11-10 08:34
1. 如果你的计算不涉及负离子，也不涉及Rydberg激发态、极化率、拉曼、偶极矩等计算，就不需要加。
2.  ...

嗯，谢谢！

jiangge 发表于 2020-11-10 08:08
1.那弥散函数是否需要加呢？
2.不使用6-31**优化，也就是直接6-311**优化然后计算单点能就可以了吗？
...

1. 如果你的计算不涉及负离子，也不涉及Rydberg激发态、极化率、拉曼、偶极矩等计算，就不需要加。
2. 对。另外sob老师已经说了基组名里的G是不能省略的，在你这个特定的情况下还不至于引起误解，但是其他有些情况下两个基组名只差一个字母，你省了一个字母就变成其他的基组了。

sobereva 发表于 2020-11-10 03:24
这是个垃圾文献，连极化函数都不知道加，和这种垃圾文献对比数据没有任何意义

写Pople系列基组名的时 ...

1.那弥散函数是否需要加呢？
2.不使用6-31**优化，也就是直接6-311**优化然后计算单点能就可以了吗？
谢谢！

jiangge 发表于 2020-11-9 16:00
Sob老师，我在计算上述的氨基酸时是否需要加弥散函数例如6-311+（d,p）,您之前写的（谈谈弥散函数和“月 ...

这是个垃圾文献，连极化函数都不知道加，和这种垃圾文献对比数据没有任何意义

写Pople系列基组名的时候不要忽略G

B3LYP那叫泛函不叫函数

没必要先在6-31G**下初步优化

不同基组下轨道能量当然不同，没什么可解释的

sobereva 发表于 2020-11-7 17:41
侧链较长的氨基酸具有高度柔性，必须考虑构象搜索问题，仔细看

gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工 ...

好的！谢谢Sob老师！

侧链较长的氨基酸具有高度柔性，必须考虑构象搜索问题，仔细看

gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

此文在计算氨基酸NMR的时候也明确考虑了构象分布问题：
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）

还必须注意是在什么环境下优化，气相或低极性溶剂下和水环境下质子化状态明显不同。

http://sobereva.com/336此文已经是最好、最全面的介绍基组选择的文章了，还看不明白再一个字一个字认真读个10遍

jiangge 发表于 2020-11-6 16:00
2.氨基酸结构在gaussview默认中有，但显示的少了N上的H和羧基的OH，我一般直接在上面进行更改，给N加个氢 ...

2. 应该且必须加，不过注意氢的方向要加对
5. 用色散校正的问题见http://sobereva.com/210
6. 建议用SMD，见http://sobereva.com/327

wzkchem5 发表于 2020-11-6 15:22
2. 根据经验。如果对氨基酸的三维结构没有经验，建议先去看文献优化的氨基酸结构
3. 频率计算里某些频率是 ...

2.氨基酸结构在gaussview默认中有，但显示的少了N上的H和羧基的OH，我一般直接在上面进行更改，给N加个氢和给羧基加个OH.不知道初始结构是否合理一点
3.好的我仔细研究一下
5.我现在使用的是高斯09w，如何加D3色散校正还不深很清楚，我在看一下论坛有没有相关资料；
6.气相和水中都要研究，溶剂模型一般如何选择呢？
-------非常感谢！------------

2. 根据经验。如果对氨基酸的三维结构没有经验，建议先去看文献优化的氨基酸结构
3. 频率计算里某些频率是虚数，称为虚频，不过很多软件为了方便起见把虚频显示成负数而非虚数。参见http://sobereva.com/278
4. 当单点能和频率计算的理论级别完全一致时，没有区别。但一般建议单点能的理论级别高于频率计算，这种情况下应该取单点能计算的轨道和静电势
5. 可以，不过注意加色散校正，另外如果涉及阴离子，建议对非氢原子加弥散函数
6. 当使用6-31G时，极化函数至少加到(d)；当使用6-311G时，极化函数至少加到(d,p)。对于DFT而言这么多极化函数一般够了，但是post HF计算还需要加得更多
此外，我觉得你研究氨基酸，更可能是希望研究在水里的电子结构而非在气相里的电子结构吧，如果是的话应该加溶剂模型

主要问题还是选用什么基组优化，http://sobereva.com/336这篇SOb老师的博文也看了，还不是很懂。